当前解析结果
SmilChr08G003447| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003447 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003447 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase At5g03610-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 36880493 - 36884610 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130996577 |
|---|---|
| GeneID | 130996577 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130996577 |
| 原始查询 | SmilChr08G003447 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase At5g03610-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase At5g03610-like |
| Arabidopsis | AT5G03610 (AT5G03610)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831778] identity=53.2; qcov=0.975; evalue=7.11e-127; confidence=high |
| Rice | Os04g0650200 (OsGELP59)- identity=35.1; qcov=0.876; evalue=1.86e-59; confidence=medium |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130996577 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057777856.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.40000 | XP_057777856.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057777856.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777856.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777856.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:36880761 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A19,B137,B87 |
Chr8:36880775 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C81 |
Chr8:36881013 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B66,B8,B88 |
Chr8:36882798 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C75 |
Chr8:36882838 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B105,B4,B51,C35 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777856.1PF00657
Lipase_GDSL 53-349 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777856.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 53 | 349 | 7.2e-35 | 121.7 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。