Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003470`

染色体: Chr08 坐标: 37326746-37328361 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003470`
名称	SmilChr08G003470
描述	elicitor-responsive protein 3-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	37326746 - 37328361 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996595`
GeneID	`130996595`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996595`
原始查询	`SmilChr08G003470`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	elicitor-responsive protein 3-like
产物	elicitor-responsive protein 3-like
Arabidopsis	`AT1G63220` (AT1G63220) Calcium-dependent lipid-binding (CaLB domain) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842627] identity=53.3; qcov=0.682; evalue=1.13e-39; confidence=medium
Rice	`Os02g0640000` - identity=53.6; qcov=0.698; evalue=4.83e-44; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00168 (C2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996595

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.60000	`XP_057777876.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057777878.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057777876.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057777877.1`
5	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057777878.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:37327062`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	121	A1,A13,A14,A15,A16,A18,A20,A22,A24,A5,A7,A8,A9,B10,B100,B104,B105,B106,B107,B115,B118,B12,B120,B123,B125,B126,B13,B130,B134,B138,B140,B15,B16,B21,B25,B26,B27,B29,B31,B32,B35,B4,B41,B44,B46,B47,B48,B51,B52,B53,B54,B57,B58,B59,B64,B65,B68,B71,B72,B74,B78,B80,B83,B84,B87,B89,B95,B97,B98,B99,C10,C13,C15,C17,C18,C2,C20,C21,C23,C24,C25,C27,C28,C31,C33,C35,C36,C37,C40,C41,C42,C45,C46,C51,C53,C56,C58,C59,C61,C63,C64,C66,C67,C70,C71,C72,C73,C75,C76,C80,C81,C82,C83,C84,C87,C9,D11,D2,D6,D7,D9
`Chr8:37327066`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	93	A1,A13,A14,A16,A20,A22,A5,A8,B100,B105,B106,B107,B115,B118,B12,B120,B123,B13,B134,B138,B140,B15,B16,B21,B25,B26,B27,B29,B31,B32,B4,B41,B44,B47,B51,B53,B54,B57,B58,B59,B64,B68,B71,B72,B74,B78,B80,B83,B84,B87,B89,B95,B97,B98,B99,C13,C15,C17,C18,C20,C24,C27,C28,C31,C33,C35,C36,C37,C41,C42,C45,C46,C56,C58,C61,C64,C66,C70,C71,C72,C73,C75,C80,C81,C82,C84,C87,C9,D11,D2,D6,D7,D9
`Chr8:37327090`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr8:37327166`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,B139,C75
`Chr8:37327876`	`TAA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B129,B95,C41,C8,D9
`Chr8:37327876`	`TAA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B129,B95,C41,C8,D9
`Chr8:37327928`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B69,B73,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777876.1

226 aa

113

226

PF00168 C2 51-148 aa

XP_057777877.1

194 aa

194

PF00168 C2 51-148 aa

XP_057777878.1

179 aa

179

PF00168 C2 4-101 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777876.1`	Pfam	`PF00168`	C2	Domain	51	148	1.3e-20	74.3	C2 domain
`XP_057777877.1`	Pfam	`PF00168`	C2	Domain	51	148	9e-21	74.8	C2 domain
`XP_057777878.1`	Pfam	`PF00168`	C2	Domain	4	101	8e-21	74.9	C2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921895.1
GATCGATCAGAAACTTCCATGGAAGTCAGGAGTAACTAACTTACAATAATGTAGGAGATTGACGGCAGAGAATTAATGTTTACACCAATAAAATTTTGAGTCCAAATGCCGCAGGGAACGCTTGAAGTTGTTCTTGTCGACGCCAATGGTTTGGAGAGCACAGATTTTTTATCCAGCACTGATGCTTATGCCATAATCAAATGCCAAGATCAAGAGAAAACGAGCAAAGTTGCATCAGTTGAAGGATCGGCTCCCACGTG...

XM_057921894.1
ATGGTGGTTTTTGTAGTAATTGCATTAACTACCACCTTTCATGTTTTTAGACATATCATTCACAACGAGCATCTCTCTCTCTCTCTCTCACAAATAGAATATTATGCTATAAATTTGCCAAAAGGGACTTTCCTAGTCCAAATGCCGCAGGGAACGCTTGAAGTTGTTCTTGTCGACGCCAATGGTTTGGAGAGCACAGATTTTTTATCCAGCACTGATGCTTATGCCATAATCAAATGCCAAGATCAAGAGAAAACGAG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC130996595
ATGGTGGTTTTTGTAGTAATTGCATTAACTACCACCTTTCATGTTTTTAGACATATCATTCACAACGAGCATCTCTCTCTCTCTCTCTCACAAATAGAATATTATGCTATAAATTTGCCAAAAGGGACTTTCCTAGTCCAAATGCCGCAGGGAACGCTTGAAGTTGTTCTTGTCGACGCCAATGGTTTGGAGAGCACAGATTTTTTATCCAGCACTGATGCTTATGCCATAATCAAATGCCAAGATCAAGAGAAAACGAG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057777876.1
MVVFVVIALTTTFHVFRHIIHNEHLSLSLSQIEYYAINLPKGTFLVQMPQGTLEVVLVDANGLESTDFLSSTDAYAIIKCQDQEKTSKVASVEGSAPTWNETFMFSISEGVKELKIRIMDKDTLSADDFVGEVTVPLEPAFEAERVPTTMYNVVKDGTLCGGLNVSLKFTHQVKYIHVVSQWVFLEKEIYDSILITHGMIFARFHHSWVLPMFFVVAEHTKQGVFQ

XP_057777877.1
MVVFVVIALTTTFHVFRHIIHNEHLSLSLSQIEYYAINLPKGTFLVQMPQGTLEVVLVDANGLESTDFLSSTDAYAIIKCQDQEKTSKVASVEGSAPTWNETFMFSISEGVKELKIRIMDKDTLSADDFVGEVTVPLEPAFEAERVPTTMYNVVKDGTLCGGLNVSLKFTHQNIRSRGFSSEDLGGWKSSSAMD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器