Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003486`

染色体: Chr08 坐标: 37504076-37507697 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003486`
名称	SmilChr08G003486
描述	uncharacterized SmilChr08G003486
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	37504076 - 37507697 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998429`
GeneID	`130998429`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998429`
原始查询	`SmilChr08G003486`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	AT3G09110; symbol=AT3G09110; hit=AT3G09110; species=arabidopsis; confidence=low
产物	AT3G09110; symbol=AT3G09110; hit=AT3G09110; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G09110` (AT3G09110) - identity=33.3; qcov=0.483; evalue=2.02e-46; confidence=low
Rice	`Os04g0594500` - identity=29.9; qcov=0.544; evalue=4.34e-41; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF05056 (DUF674)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998429

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057779827.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057779827.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057779827.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779827.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779827.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:37507013`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B106,D6
`Chr8:37507014`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B23,C72
`Chr8:37507023`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B23,C72
`Chr8:37507067`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr8:37507115`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C13,C9
`Chr8:37507227`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A24
`Chr8:37507227`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A24
`Chr8:37507231`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	A24
`Chr8:37507231`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	A24
`Chr8:37507312`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	15	A4,B111,B140,B28,B58,B69,B95,C38,C50,C68,C69,C77,C82,C84,D8
`Chr8:37507422`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	A24,B125,B15,B54,B66,C33,C34
`Chr8:37507427`	`G`	`GA`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	7	A24,B125,B15,B54,B66,C33,C34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779827.1

677 aa

338

677

DUF674

PF05056 DUF674 7-432 aa PF05056 DUF674 444-668 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779827.1`	Pfam	`PF05056`	DUF674	Family	7	432	2.5e-127	426.1	Protein of unknown function (DUF674)
`XP_057779827.1`	Pfam	`PF05056`	DUF674	Family	444	668	2.5e-127	426.1	Protein of unknown function (DUF674)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923844.1
AAAGCAAAGATTCGCCAATGGTGACTGTAGCTCGCAGCATGAAGGAAACACTAAACTTAACTTCAAAGCATTAACAATTGGCATAGTGGCAAATATTTTACTCTTTTCTATTGGCAAAACTATACTGTTTGCTCCATTTTGCTTTAGTAATGCGAGTGCTTCTCTCTCTCTCCTCTCTTCACTTTTAGCAGCTCAGAACCACCGCCGCAGCCACCCTTCCTCCGCCGCGCTCTCAGCCACCCCCATCCAACAACACTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998429
ATGTCTGATTCCAAGAAGGATGCTACGTTCTCGTTGAAAGCTATGGTGAATGAAGAGAAAAGGAAGGTTCTATTCGCAGATGTCGACAGCACCTTTGCAGATGTGTTGTTGAGCTTCCTCACATTGCCATTGGGAACGATCGTGAGAATCTTGAAGAAGCACTATGAAGATGAACAGCCTGTGTTTGGAAGCTTAACCACTTTGTACAATGGTTTAGAAAATCTTGATAGTGTCCATTTTTGGACAAAAGGTGCTAAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779827.1
MSDSKKDATFSLKAMVNEEKRKVLFADVDSTFADVLLSFLTLPLGTIVRILKKHYEDEQPVFGSLTTLYNGLENLDSVHFWTKGAKSILLHPQSSSDAPRKMLKLDVSDSPPAEYFVCEKDCDKSTRFYSKSMYYDNVIACKYSKSHSMKRKVAGTPTAPCDDGVFTINTASFVVTDDLRIVPTSSGLLQIVSFLGITDMDKAKQVNVTFGYAEVMALLKASLMSPTPLSDVIFNKTGQMKSTTLKLQHMTLSDQIGNAP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器