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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003493

染色体: Chr08 坐标: 37538491-37542190 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003493
名称SmilChr08G003493
描述uncharacterized SmilChr08G003493
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向37538491 - 37542190 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996610
GeneID130996610
locus_tag-
NCBI NameLOC130996610
原始查询SmilChr08G003493

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述AT3G09110; symbol=AT3G09110; hit=AT3G09110; species=arabidopsis; confidence=low
产物AT3G09110; symbol=AT3G09110; hit=AT3G09110; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G09110 (AT3G09110)
-
identity=33; qcov=0.679; evalue=6.26e-47; confidence=low
RiceOs04g0594500
-
identity=27.5; qcov=0.778; evalue=9.26e-34; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF05056 (DUF674)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996610

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057777886.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057777886.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777886.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777886.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777886.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:37539921 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B130
Chr8:37539921 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B130
Chr8:37539955 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr8:37540045 GCA G 2bp_deletion frameshift_variant 19 A3,A7,B107,B108,B129,B2,B4,B48,B6,B78,B93,B97,C19,C32,C68,C69,C72,C79,C80
Chr8:37540049 C CGT 2bp_insertion frameshift_variant 19 A3,A7,B107,B108,B129,B2,B4,B48,B6,B78,B93,B97,C19,C32,C68,C69,C72,C79,C80
Chr8:37540070 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr8:37540090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B93
Chr8:37540115 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B93
Chr8:37540125 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,C72
Chr8:37540133 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,C70,D1
Chr8:37540159 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,C1,C13
Chr8:37540235 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 8 A7,B115,B69,C17,C46,C52,C64,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777886.1
468 aa
N
1
234
468
DUF674
C
PF05056 DUF674 6-431 aa
XP_057777887.1
468 aa
N
1
234
468
DUF674
C
PF05056 DUF674 6-431 aa
XP_057777888.1
468 aa
N
1
234
468
DUF674
C
PF05056 DUF674 6-431 aa
XP_057777889.1
468 aa
N
1
234
468
DUF674
C
PF05056 DUF674 6-431 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777886.1 Pfam PF05056 DUF674 Family 6 431 1.3e-94 318.3 Protein of unknown function (DUF674)
XP_057777887.1 Pfam PF05056 DUF674 Family 6 431 1.3e-94 318.3 Protein of unknown function (DUF674)
XP_057777888.1 Pfam PF05056 DUF674 Family 6 431 1.3e-94 318.3 Protein of unknown function (DUF674)
XP_057777889.1 Pfam PF05056 DUF674 Family 6 431 1.3e-94 318.3 Protein of unknown function (DUF674)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921905.1
AAGTTGAAAAACAGAAAAAGAAGTTCAAAAAAAAGTGAAAAAGCAAAGATTCGCCAATGGCATAGCTCAACTGTTTGCTCCATTTTGCTTTAGTAGCCAAATAATGCCAGTGCTTCTCTTCTCTCTCACTCATCTATCCACTCCTCTCTTCACTTTTAGCCGCTCAAAACCACCGTCGCAGCCACCCTTCCTCCGCCGCGAGCTCAGCCACCCTCATCCAACAACATGTTTTCTTCTGGGTTGACTTGAAAATCTGTCTT...
XM_057921904.1
AAGTTGAAAAACAGAAAAAGAAGTTCAAAAAAAAGTGAAAAAGCAAAGATTCGCCAATGGCATAGCTCAACTGTTTGCTCCATTTTGCTTTAGTAGCCAAATAATGCCAGTGCTTCTCTTCTCTCTCACTCATCTATCCACTCCTCTCTTCACTTTTAGCCGCTCAAAACCACCGTCGCAGCCACCCTTCCTCCGCCGCGAGCTCAGCCACCCTCATCCAACAACATGTTTTCTTCTGGGTTGACTTGAAAATCTGTCTT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130996610
ATGGATGATGCTAAAGATGCAGAGTTCTCATTGAAAGTGATGATAAATAAAAAGAAAACTAAGGTACTCTTTGTAGAAGCTGACAGCCATTTCGCAGACATTTTGTTAAGCTTCTTGACTTTGCCGTTGGGAAGAATTATCAAAGTCCTTGAGAAGCACTATGGAGACGAGGCACCTACCATTGGTAGCTTAAGCAGTTTGTACCATAGCTTAGTAGATCTTGATTTCACCGGTTTCTGGACAGAGGGTGCCAAGCAGAC...
LOC130996610
ATGGATGATGCTAAAGATGCAGAGTTCTCATTGAAAGTGATGATAAATAAAAAGAAAACTAAGGTACTCTTTGTAGAAGCTGACAGCCATTTCGCAGACATTTTGTTAAGCTTCTTGACTTTGCCGTTGGGAAGAATTATCAAAGTCCTTGAGAAGCACTATGGAGACGAGGCACCTACCATTGGTAGCTTAAGCAGTTTGTACCATAGCTTAGTAGATCTTGATTTCACCGGTTTCTGGACAGAGGGTGCCAAGCAGAC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057777886.1
MDDAKDAEFSLKVMINKKKTKVLFVEADSHFADILLSFLTLPLGRIIKVLEKHYGDEAPTIGSLSSLYHSLVDLDFTGFWTEGAKQTLLDPASSFEDEYARLKLDYNDYHPAEYFTCRNPPPHSIRSVSMYHDSTPMCLQCANRHQMIIEEHEKECQFASEDGVFTINTTPFIISDDLQIFPNKIGLLGIISILGLTDADKAQPIKVTFGFSEIMSLLKASFISQTPFSDLLLSKARHVNSVAVGSEPETSLNQIKNEDN...
XP_057777887.1
MDDAKDAEFSLKVMINKKKTKVLFVEADSHFADILLSFLTLPLGRIIKVLEKHYGDEAPTIGSLSSLYHSLVDLDFTGFWTEGAKQTLLDPASSFEDEYARLKLDYNDYHPAEYFTCRNPPPHSIRSVSMYHDSTPMCLQCANRHQMIIEEHEKECQFASEDGVFTINTTPFIISDDLQIFPNKIGLLGIISILGLTDADKAQPIKVTFGFSEIMSLLKASFISQTPFSDLLLSKARHVNSVAVGSEPETSLNQIKNEDN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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