同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003516

染色体: Chr08 坐标: 37761167-37762129 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003516
名称SmilChr08G003516
描述2S seed storage albumin protein-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向37761167 - 37762129 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996634
GeneID130996634
locus_tag-
NCBI NameLOC130996634
原始查询SmilChr08G003516

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述2S seed storage albumin protein-like
产物2S seed storage albumin protein-like
ArabidopsisAT5G54740 (SESA5)
seed storage albumin 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835563]
identity=25.47; qcov=0.949; evalue=5.46e-08; confidence=low
Rice-
-
GOGO:0045735 (nutrient reservoir activity)
KEGG-
PfamPF00234 (Tryp_alpha_amyl)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996634

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

特征证据限制:抽查两个保留的历史缓存共 206 行,PROFEAT 特征全部为零;第二块缓存为 106 行,比对应 FASTA 的 100 个蛋白多 6 个。ESM2 特征在抽查范围内为有限非零值。缓存与当前定位结果的历史执行链仍未核实,不能据蛋白编号重合认定这些特征用于线上预测,也不能将抽查推广到全蛋白组。当前结果仅作为探索性候选,特征完整性与预测可靠性尚未建立。

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057777912.1
2 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057777912.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:37761725 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C3,D4
Chr8:37761753 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,D2
Chr8:37761992 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr8:37762047 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,C1,C50
Chr8:37762109 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B17,D10
Chr8:37762128 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B4
Chr8:37762128 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 B4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777912.1
137 aa
N
1
68
137
Tryp_alpha_amyl
C
PF00234 Tryp_alpha_amyl 35-130 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777912.1 Pfam PF00234 Tryp_alpha_amyl Domain 35 130 4.4e-10 40.4 Protease inhibitor/seed storage/LTP family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921929.1
ATGGCGATCAAGGTGGCACTCGCAGCAGCTCTCCTCGTGGCCCTGGTGGCTCTCGCCAGTGCCACCACCTTCACCACCACCTCCTTCGACGAAAACAGGCAATGCAGGCAGCAGGTGCAGAGTCGCCGGTTCCACTCCTGCCAGCGCTTCTTGCAGCAGAGGTATGCCAACGAGGAGGAGGAAGACGCCAACTTTGAGCAAGGGTCCCTTCAAGCCTGCTGCCAGGAGCTCAAGCAAATGGACCGCCAGCAATGTGGCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080394.1_cds_XP_057777912.1_44766
ATGGCGATCAAGGTGGCACTCGCAGCAGCTCTCCTCGTGGCCCTGGTGGCTCTCGCCAGTGCCACCACCTTCACCACCACCTCCTTCGACGAAAACAGGCAATGCAGGCAGCAGGTGCAGAGTCGCCGGTTCCACTCCTGCCAGCGCTTCTTGCAGCAGAGGTATGCCAACGAGGAGGAGGAAGACGCCAACTTTGAGCAAGGGTCCCTTCAAGCCTGCTGCCAGGAGCTCAAGCAAATGGACCGCCAGCAATGTGGCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777912.1
MAIKVALAAALLVALVALASATTFTTTSFDENRQCRQQVQSRRFHSCQRFLQQRYANEEEEDANFEQGSLQACCQELKQMDRQQCGCEAIRHAVRQAQQSTGRYQTGQSEHVYQRARSLPRRCGLREQQCRFRLVVV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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