当前解析结果
SmilChr08G003516| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003516 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003516 |
| 描述 | 2S seed storage albumin protein-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 37761167 - 37762129 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130996634 |
|---|---|
| GeneID | 130996634 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130996634 |
| 原始查询 | SmilChr08G003516 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 2S seed storage albumin protein-like |
| 产物 | 2S seed storage albumin protein-like |
| Arabidopsis | AT5G54740 (SESA5)seed storage albumin 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835563] identity=25.47; qcov=0.949; evalue=5.46e-08; confidence=low |
| Rice | -- |
| GO | GO:0045735 (nutrient reservoir activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00234 (Tryp_alpha_amyl) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130996634 |
特征证据限制:抽查两个保留的历史缓存共 206 行,PROFEAT 特征全部为零;第二块缓存为 106 行,比对应 FASTA 的 100 个蛋白多 6 个。ESM2 特征在抽查范围内为有限非零值。缓存与当前定位结果的历史执行链仍未核实,不能据蛋白编号重合认定这些特征用于线上预测,也不能将抽查推广到全蛋白组。当前结果仅作为探索性候选,特征完整性与预测可靠性尚未建立。
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057777912.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057777912.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:37761725 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C3,D4 |
Chr8:37761753 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B68,D2 |
Chr8:37761992 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B4 |
Chr8:37762047 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B120,C1,C50 |
Chr8:37762109 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,B17,D10 |
Chr8:37762128 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B4 |
Chr8:37762128 |
A |
AT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777912.1PF00234
Tryp_alpha_amyl 35-130 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777912.1 |
Pfam | PF00234 |
Tryp_alpha_amyl | Domain | 35 | 130 | 4.4e-10 | 40.4 | Protease inhibitor/seed storage/LTP family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。