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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003520

染色体: Chr08 坐标: 37818676-37819610 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003520
名称SmilChr08G003520
描述U-box domain-containing protein 15-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向37818676 - 37819610 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998437
GeneID130998437
locus_tag-
NCBI NameLOC130998437
原始查询SmilChr08G003520

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述U-box domain-containing protein 15-like
产物U-box domain-containing protein 15-like
ArabidopsisAT5G42340 (PUB15)
Plant U-Box 15 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834240]
identity=45.3; qcov=1.01; evalue=3.07e-63; confidence=high
RiceOs08g0481200 (OsPUB14)
-
identity=50; qcov=0.969; evalue=3.81e-63; confidence=high
GOGO:0007166 (cell surface receptor signaling pathway)
KEGG-
PfamPF25368 (PUB10_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998437

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057779835.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057779835.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057779835.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779835.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779835.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:37818865 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B28,B70,B82,C78
Chr8:37819024 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr8:37819032 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B65,C18,C43,C49
Chr8:37819050 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,C61
Chr8:37819272 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr8:37819292 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B96,C59
Chr8:37819308 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,C18,C49
Chr8:37819355 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr8:37819382 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B72,C46,C5
Chr8:37819400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr8:37819578 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779835.1
229 aa
N
1
114
229
PUB10_N
C
PF25368 PUB10_N 1-108 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779835.1 Pfam PF25368 PUB10_N Domain 1 108 1.4e-38 133.1 PUB10-like, N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923852.1
CTGATTTCAGAAGAACGCAGAGGAAAGAGTGTATGAACTTGGTGAGAAGGCTGAAGCTGCTGACGCCGCTGCTCGAAGAGATTAGGGAGCTTCATACCTCTGTTTCAGCAGACGCATTCAATCACTTGGTTGATTTGAACAAGGCCTTGTTGGCTTCAAAGAAGCTGCTCAAGACCTGCAACTCCGGCAGCAAGATTTTTCTTGTCCTGGAGAGCGACGCTGTGATGAGCAGATTTCATCAAGTCTACGACAAGATTAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998437
ATGAACTTGGTGAGAAGGCTGAAGCTGCTGACGCCGCTGCTCGAAGAGATTAGGGAGCTTCATACCTCTGTTTCAGCAGACGCATTCAATCACTTGGTTGATTTGAACAAGGCCTTGTTGGCTTCAAAGAAGCTGCTCAAGACCTGCAACTCCGGCAGCAAGATTTTTCTTGTCCTGGAGAGCGACGCTGTGATGAGCAGATTTCATCAAGTCTACGACAAGATTAACCAGGCGCTCAACGCCATACCTTATGAGAAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779835.1
MNLVRRLKLLTPLLEEIRELHTSVSADAFNHLVDLNKALLASKKLLKTCNSGSKIFLVLESDAVMSRFHQVYDKINQALNAIPYEKLDISEEVKEQVELMHMQLKRAKRRTETQDMELAMDMMVVFTRNDERNADDAIIEKLAKKLELHTAAELKAESVAVRKLVKAKGKNATQQVVDLLAKFKQISGVDENSVLDEPALVRCLEKSKSLLIPVCMLIPEKSKSLLIPV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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