当前解析结果
SmilChr08G003520| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003520 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003520 |
| 描述 | U-box domain-containing protein 15-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 37818676 - 37819610 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130998437 |
|---|---|
| GeneID | 130998437 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998437 |
| 原始查询 | SmilChr08G003520 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | U-box domain-containing protein 15-like |
| 产物 | U-box domain-containing protein 15-like |
| Arabidopsis | AT5G42340 (PUB15)Plant U-Box 15 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834240] identity=45.3; qcov=1.01; evalue=3.07e-63; confidence=high |
| Rice | Os08g0481200 (OsPUB14)- identity=50; qcov=0.969; evalue=3.81e-63; confidence=high |
| GO | GO:0007166 (cell surface receptor signaling pathway) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF25368 (PUB10_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998437 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057779835.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057779835.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057779835.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057779835.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779835.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:37818865 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A2,B28,B70,B82,C78 |
Chr8:37819024 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr8:37819032 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B65,C18,C43,C49 |
Chr8:37819050 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B52,C61 |
Chr8:37819272 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C85 |
Chr8:37819292 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B96,C59 |
Chr8:37819308 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B65,C18,C49 |
Chr8:37819355 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr8:37819382 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B72,C46,C5 |
Chr8:37819400 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B64 |
Chr8:37819578 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | D10,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779835.1PF25368
PUB10_N 1-108 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779835.1 |
Pfam | PF25368 |
PUB10_N | Domain | 1 | 108 | 1.4e-38 | 133.1 | PUB10-like, N-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。