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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003525

染色体: Chr08 坐标: 37853067-37855501 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003525
名称SmilChr08G003525
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g36240-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向37853067 - 37855501 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996642
GeneID130996642
locus_tag-
NCBI NameLOC130996642
原始查询SmilChr08G003525

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g36240-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g36240-like
ArabidopsisAT2G36240 (AT2G36240)
pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818196]
identity=51; qcov=1.05; evalue=5.25e-170; confidence=high
RiceOs01g0908800 (P0497A05.20)
-
identity=38.9; qcov=0.908; evalue=1.27e-82; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996642

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057777918.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777918.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777918.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777918.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777918.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:37853670 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr8:37853677 A AGC 2bp_insertion frameshift_variant 1 B129
Chr8:37853677 A AGC 2bp_insertion CDS_variant 1 B129
Chr8:37853736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C41
Chr8:37853762 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,C31,C41,C75
Chr8:37853828 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B104,C87
Chr8:37854035 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr8:37854084 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B72,C46,C5
Chr8:37854162 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr8:37854183 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B28,B68
Chr8:37854259 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,B34,B81
Chr8:37854283 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 3 B123,B51,C24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777918.1
481 aa
N
1
240
481
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
C
PF01535 PPR 154-175 aa PF13812 PPR_3 180-228 aa PF13041 PPR_2 181-230 aa PF01535 PPR 186-213 aa PF12854 PPR_1 214-245 aa PF13041 PPR_2 216-263 aa PF13812 PPR_3 217-261 aa PF01535 PPR 219-249 aa PF12854 PPR_1 247-280 aa PF13041 PPR_2 251-299 aa PF01535 PPR 254-284 aa PF01535 PPR 289-319 aa PF01535 PPR 329-353 aa PF13041 PPR_2 356-405 aa PF01535 PPR 360-388 aa PF13812 PPR_3 421-471 aa PF12854 PPR_1 422-454 aa PF13041 PPR_2 427-475 aa PF01535 PPR 430-458 aa
XP_057777919.1
459 aa
N
1
230
459
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
C
PF13812 PPR_3 158-206 aa PF13041 PPR_2 159-208 aa PF01535 PPR 164-191 aa PF13812 PPR_3 189-239 aa PF12854 PPR_1 192-223 aa PF13041 PPR_2 194-241 aa PF01535 PPR 197-227 aa PF12854 PPR_1 225-258 aa PF13041 PPR_2 229-277 aa PF01535 PPR 232-262 aa PF01535 PPR 267-297 aa PF01535 PPR 307-331 aa PF13041 PPR_2 334-383 aa PF01535 PPR 338-366 aa PF13812 PPR_3 399-449 aa PF12854 PPR_1 400-432 aa PF13041 PPR_2 405-453 aa PF01535 PPR 408-436 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777918.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 154 175 2.4e-48 159.7 PPR repeat
XP_057777918.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 180 228 5.3e-32 110.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057777918.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 181 230 1.7e-73 243.2 PPR repeat family
XP_057777918.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 186 213 2.4e-48 159.7 PPR repeat
XP_057777918.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 214 245 2.7e-64 213.3 PPR repeat
XP_057777918.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 216 263 1.7e-73 243.2 PPR repeat family
XP_057777918.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 217 261 5.3e-32 110.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057777918.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 219 249 2.4e-48 159.7 PPR repeat
XP_057777918.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 247 280 2.7e-64 213.3 PPR repeat
XP_057777918.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 251 299 1.7e-73 243.2 PPR repeat family
XP_057777918.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 254 284 2.4e-48 159.7 PPR repeat
XP_057777918.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 289 319 2.4e-48 159.7 PPR repeat
XP_057777918.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 329 353 2.4e-48 159.7 PPR repeat
XP_057777918.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 356 405 1.7e-73 243.2 PPR repeat family
XP_057777918.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 360 388 2.4e-48 159.7 PPR repeat
XP_057777918.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 421 471 5.3e-32 110.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057777918.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 422 454 2.7e-64 213.3 PPR repeat
XP_057777918.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 427 475 1.7e-73 243.2 PPR repeat family
XP_057777918.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 430 458 2.4e-48 159.7 PPR repeat
XP_057777919.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 158 206 4.4e-32 110.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057777919.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 159 208 3.8e-72 238.9 PPR repeat family
XP_057777919.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 164 191 1.3e-45 151.2 PPR repeat
XP_057777919.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 189 239 4.4e-32 110.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057777919.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 192 223 1.3e-61 204.7 PPR repeat
XP_057777919.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 194 241 3.8e-72 238.9 PPR repeat family
XP_057777919.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 197 227 1.3e-45 151.2 PPR repeat
XP_057777919.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 225 258 1.3e-61 204.7 PPR repeat
XP_057777919.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 229 277 3.8e-72 238.9 PPR repeat family
XP_057777919.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 232 262 1.3e-45 151.2 PPR repeat
XP_057777919.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 267 297 1.3e-45 151.2 PPR repeat
XP_057777919.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 307 331 1.3e-45 151.2 PPR repeat
XP_057777919.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 334 383 3.8e-72 238.9 PPR repeat family
XP_057777919.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 338 366 1.3e-45 151.2 PPR repeat
XP_057777919.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 399 449 4.4e-32 110.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057777919.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 400 432 1.3e-61 204.7 PPR repeat
XP_057777919.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 405 453 3.8e-72 238.9 PPR repeat family
XP_057777919.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 408 436 1.3e-45 151.2 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921935.1
GTGCTTGAACCGCTGGAGCAATCAAACGGCAGGGACCGCACCACGTAGCGACGAACTCAACAAGGACAGGACAGGTAGAGTTCAAAACGACGTCGGAGAATTGATTCTCGTCAATCTCTAATTCTCTATTAGAAGCGGCGGCGGATTTCTCCGGTTTCGCAAGCGAATCTTGCTGCGGTTGCAGAATAAAGAAAAAGAGTATAAGAGGAGGCGGCATTGTAGGCGGTGTTGGCAAAGGCGGTGATTGCAGGGCGGGAGAG...
XM_057921936.1
GAACCGCTGGAGCAATCAAACGGCAGGGACCGCACCACGTAGCGACGAACTCAACAAGGACAGGACAGGTAGAGTTCAAAACGACGTCGGAGAATTGATTCTCGTCAATCTCTAATTCTCTATTAGAAGCGGCGGCGGATTTCTCCGGTTTCGCAAGCGAATCTTGCTGCGGTTGCAGAATAAAGAAAAAGAGTATAAGAGGAGGCGGCATTGTAGGCGGTGTTGGCAAAGGCGGTGATTGCAGGGCGGGAGAGGTTTGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130996642
ATGTCGAGAAACACAGCCCTCAAAAGATTCTCCAAACCCCGACACCACCCTGCACCACTGCAACACCCTGACCTTTCACCCTCCATCTCCGCCCTAACCTCCCCCACCACCTCCGCCACCGCCCAAACCCAATTAACCCGCCTCACCGCCTTCCTCCAATCCTCCCTCAGAAAACCCGCCGTCGCCATCACACCACAAGACCTCCTCCACTTCTTAAAATCTCGCCTCCGCCACCACCCCACGCTCAGCCACCTCGACTT...
LOC130996642
ATGTCGAGAAACACAGCCCTCAAAAGATTCTCCAAACCCCGACACCACCCTGCACCACTGCAACACCCTGACCTTTCACCCTCCATCTCCGCCCTAACCTCCCCCACCACCTCCGCCACCGCCCAAACCCAATTAACCCGCCTCACCGCCTTCCTCCAATCCTCCCTCAGAAAACCCGCCGTCGCCATCACACCACAAGACCTCCTCCACTTCTTAAAATCTCGCCTCCGCCACCACCCCACGCTCAGCCACCTCGACTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057777918.1
MSRNTALKRFSKPRHHPAPLQHPDLSPSISALTSPTTSATAQTQLTRLTAFLQSSLRKPAVAITPQDLLHFLKSRLRHHPTLSHLDFHLFRYAATLDSFRHDHFTLEYMVRTLVSTYRLDSLSSLLEFISSNPCPCSDGIFSCPRIEPMFSVSISSFCRAGRFDDALHAFDIMKRLIDGKPNVALYNIVIHGFVKLGKLDRAVDFYGTMLRNRVNPDAVTFNILISGYCRNNKFGLALEVFREMKEKGCLPNVVSFNTLI...
XP_057777919.1
MSRNTALKRFSKPRHHPAPLQHPDLSPSISALTSPTTSATAQTQLTRLTAFLQSSLRKPAVAITPQDLLHFLKSRLRHHPTLSHLDFHLFRYAATLDSFRHDHFTLEYMVRTLVSTYRLDSLSSLLEFISSNPCPCSDGRFDDALHAFDIMKRLIDGKPNVALYNIVIHGFVKLGKLDRAVDFYGTMLRNRVNPDAVTFNILISGYCRNNKFGLALEVFREMKEKGCLPNVVSFNTLIKGFFRDGKVEQAVGMAREMTEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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