当前解析结果
SmilChr08G003534| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003534 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003534 |
| 描述 | glycine-rich protein 23-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 37971773 - 37972429 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998439 |
|---|---|
| GeneID | 130998439 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998439 |
| 原始查询 | SmilChr08G003534 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glycine-rich protein 23-like |
| 产物 | glycine-rich protein 23-like |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998439 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057779838.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057779838.1 |
| 3 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.20000 | XP_057779838.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779838.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779838.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:37971779 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A6,C20,C28,C33,C52 |
Chr8:37971787 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 21 | A21,A4,B105,B115,B13,B137,B18,B20,B51,B69,B73,B76,B86,B88,C18,C35,C4,C44,C54,C86,D2 |
Chr8:37971810 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B4 |
Chr8:37971833 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 35 | A11,A19,A24,A7,A9,B107,B112,B114,B122,B126,B13,B137,B14,B16,B34,B35,B38,B39,B44,B46,B52,B53,B61,B66,B71,B8,B87,B93,C15,C2,C21,C23,C25,C40,C80 |
Chr8:37971839 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 33 | A19,A24,A7,A9,B107,B112,B114,B122,B126,B13,B137,B14,B16,B34,B35,B38,B39,B44,B46,B52,B53,B61,B66,B71,B8,B87,B93,C15,C2,C21,C25,C40,C80 |
Chr8:37971888 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B4 |
Chr8:37971930 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr8:37971971 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
Chr8:37971976 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 40 | A2,A20,A23,A3,A4,A5,B100,B117,B12,B123,B132,B133,B138,B14,B2,B24,B36,B47,B50,B55,B58,B60,B63,B7,B70,B74,B80,B84,B89,C17,C39,C58,C73,C74,C78,C84,C87,D2,D3,D5 |
Chr8:37972107 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B120,C1,C50,D10,D11 |
Chr8:37972135 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B114,B2,B37 |
Chr8:37972206 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B124,C14 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。