当前解析结果
SmilChr08G003535| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003535 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003535 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G003535 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 37975032 - 37976516 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130996652 |
|---|---|
| GeneID | 130996652 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130996652 |
| 原始查询 | SmilChr08G003535 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824437]; symbol=AT3G52710; hit=AT3G52710; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824437]; symbol=AT3G52710; hit=AT3G52710; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT3G52710 (AT3G52710)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824437] identity=41.8; qcov=1.06; evalue=6.69e-46; confidence=medium |
| Rice | Os12g0153900- identity=33.9; qcov=0.892; evalue=1.97e-14; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF30939 (At1g76070) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130996652 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057777931.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057777931.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057777931.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777931.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777931.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:37975420 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B129,B95,D9 |
Chr8:37975575 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr8:37975669 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B4 |
Chr8:37975897 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B120,C1,C50,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777931.1PF30939
At1g76070 122-277 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777931.1 |
Pfam | PF30939 |
At1g76070 | Family | 122 | 277 | 8.7e-10 | 39.7 | Syringolide-induced protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。