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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003538

染色体: Chr08 坐标: 38030295-38031421 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003538
名称SmilChr08G003538
描述mitochondrial import receptor subunit TOM9-2-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向38030295 - 38031421 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998442
GeneID130998442
locus_tag-
NCBI NameLOC130998442
原始查询SmilChr08G003538

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial import receptor subunit TOM9-2-like
产物mitochondrial import receptor subunit TOM9-2-like
ArabidopsisAT5G43970 (TOM22-V)
translocase of outer membrane 22-V [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834420]
identity=50.5; qcov=1.09; evalue=4.46e-18; confidence=low
RiceOs02g0131600
-
identity=61.2; qcov=0.576; evalue=5.34e-13; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998442

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057779839.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057779839.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.40000 XP_057779839.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779839.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779839.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:38030550 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr8:38030551 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,B37,C32
Chr8:38030591 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,B28
Chr8:38030593 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 8 A6,B113,B20,B45,B66,B8,C10,C26
Chr8:38030614 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B41
Chr8:38030614 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr8:38030633 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,B45
Chr8:38030642 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,C14
Chr8:38031180 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr8:38031186 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr8:38031235 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,B51,B54
Chr8:38031246 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923856.1
AAAACACAGTTCGCTCTAGTTTCTCTTCCACTCTCTCCACTCTCTCTCTCTCTCAAGGGTTTTAGATCCAAACAGAAGTTGAAGCGCCCACCCAAAATCTTCCATGGCCTCCAAACGCCCATCTAAGAGCAGCGACGATGGAATCTTATCGCGAATCTCCGATCACTCCATCGTGCGGAAGGGGAAGAGCGCCGGCAAGGCCGCTTGGATCCTCGGCACCACCGTCATCATCCTAGGGATCCCGCTAGGGATCCCGCTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998442
ATGGCCTCCAAACGCCCATCTAAGAGCAGCGACGATGGAATCTTATCGCGAATCTCCGATCACTCCATCGTGCGGAAGGGGAAGAGCGCCGGCAAGGCCGCTTGGATCCTCGGCACCACCGTCATCATCCTAGGGATCCCGCTAGGGATCCCGCTCATCATCAAGATGGATCGCGAGGCGCAGCTCAATGAGGCCGAGCTACAGCAGGCCTCTCTCCTCGGCGGTGCCGCCCCTGGCTTCATGCCGCCGCCACAGTGA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779839.1
MASKRPSKSSDDGILSRISDHSIVRKGKSAGKAAWILGTTVIILGIPLGIPLIIKMDREAQLNEAELQQASLLGGAAPGFMPPPQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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