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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003561

染色体: Chr08 坐标: 38289754-38293328 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003561
名称SmilChr08G003561
描述HVA22-like protein k
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向38289754 - 38293328 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996673
GeneID130996673
locus_tag-
NCBI NameLOC130996673
原始查询SmilChr08G003561

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述HVA22-like protein k
产物HVA22-like protein k
ArabidopsisAT4G36720 (HVA22K)
HVA22-like protein K [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829825]
identity=62; qcov=0.683; evalue=2.29e-29; confidence=medium
RiceOs07g0568400
-
identity=62; qcov=0.683; evalue=2.24e-28; confidence=medium
GOGO:0003680 (minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding)
KEGG-
PfamPF03134 (TB2_DP1_HVA22)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996673

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057777955.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057777955.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057777954.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057777954.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057777954.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:38290851 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 C12
Chr8:38290851 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 C12
Chr8:38290999 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B99,C16
Chr8:38290999 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C16
Chr8:38291698 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 3 B44,C39,C41
Chr8:38291698 C CA 1bp_insertion CDS_variant 3 B44,C39,C41
Chr8:38291755 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,D11
Chr8:38292542 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C48,D5
Chr8:38292543 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,C35
Chr8:38292544 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B67
Chr8:38292547 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B134,B41,B71
Chr8:38292587 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777955.1
104 aa
N
1
52
104
TB2_DP1_HVA22
C
PF03134 TB2_DP1_HVA22 58-101 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777955.1 Pfam PF03134 TB2_DP1_HVA22 Family 58 101 1.4e-10 41.6 TB2/DP1, HVA22 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921971.1
CCGTTATGTATGAGCGCATTTTTTGAAAAGATAACGGTTTTGACAAAAAACCGTTATCTATGTACTGTTGTCCATTGAAATAGATAACGGTTTTAGTGAATCCGTTATGTATGAGCGTTATCTATTAATTGCATACATAACGGTATTATCGAACCGTTAAGCCGACCGTTATCTATGAGCGTCTTTTTATAACGGTTGTTTTAACCGTTATATATGAGCGCCTCAACACTGTTATGTATGAGTATTCTTTACATTTATCT...
XM_057921972.1
TATGTATGAGCGCATTTTTTGAAAAGATAACGGTTTTGACAAAAAACCGTTATCTATGTACTGTTGTCCATTGAAATAGATAACGGTTTTAGTGAATCCGTTATGTATGAGCGTTATCTATTAATTGCATACATAACGGTATTATCGAACCGTTAAGCCGACCGTTATCTATGAGCGTCTTTTTATAACGGTTGTTTTAACCGTTATATATGAGCGCCTCAACACTGTTATGTATGAGTATTCTTTACATTTATCTTTTA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130996673
ATGCCCAGTCCCGTCGTTTCCTGCGCCACTTCGGAGCTCCGATGCTCAGCCCTTTCTCGTATCCCCGCCTCCGACGCGGGTAGCCTTCAGGTCAGGCTGCGGTTACTTCTTTGTCCATTTGGTTCCAATATTGTAGTTCGTACAGCATGCTGTTCGGTGGGGGTTGTCTTACCTGTTTATTCTACATTCAAGGCCATTGAGACGAAGGATCAAGATGACCAACACAAATGGCTTGTATGCTGGGCTGGTTCATTCCTTCT...
LOC130996673
ATGCCCAGTCCCGTCGTTTCCTGCGCCACTTCGGAGCTCCGATGCTCAGCCCTTTCTCGTATCCCCGCCTCCGACGCGGGTAGCCTTCAGGTCAGGCTGCGGTTACTTCTTTGTCCATTTGGTTCCAATATTGTAGTTCGTACAGCATGCTGTTCGGTGGGGGTTGTCTTACCTGTTTATTCTACATTCAAGGCCATTGAGACGAAGGATCAAGATGACCAACACAAATGGCTTGTATGCTGGGCTGCTTATGGATCCTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057777954.1
MPSPVVSCATSELRCSALSRIPASDAGSLQVRLRLLLCPFGSNIVVRTACCSVGVVLPVYSTFKAIETKDQDDQHKWLVCWAGSFLLSESIGNCSRTGGLSISLAGSDGRVLGGGVFGMLKAGFDRKFLFISNFVIFLTVKNRKRIIALVMCIGMTPCSTVIASGFPTI
XP_057777955.1
MPSPVVSCATSELRCSALSRIPASDAGSLQVRLRLLLCPFGSNIVVRTACCSVGVVLPVYSTFKAIETKDQDDQHKWLVCWAAYGSFIVAEIFTDKLLYWADLK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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