Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003576`

染色体: Chr08 坐标: 38484917-38486527 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003576`
名称	SmilChr08G003576
描述	uncharacterized SmilChr08G003576
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	38484917 - 38486527 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998452`
GeneID	`130998452`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998452`
原始查询	`SmilChr08G003576`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	sequence-specific DNA binding transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825032]; symbol=AT3G58630; hit=AT3G58630; species=arabidopsis; confidence=low
产物	sequence-specific DNA binding transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825032]; symbol=AT3G58630; hit=AT3G58630; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G58630` (AT3G58630) sequence-specific DNA binding transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825032] identity=39.3; qcov=0.47; evalue=2.62e-19; confidence=low
Rice	`Os05g0560600` - identity=48.9; qcov=0.288; evalue=5.4e-19; confidence=weak
GO	GO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG	-
Pfam	PF13837 (Myb_DNA-bind_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998452

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779851.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779851.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779851.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779851.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057779851.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:38484931`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr8:38484953`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr8:38485004`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B45
`Chr8:38485004`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr8:38485027`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr8:38485029`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:38485045`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,B139,C75
`Chr8:38485049`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:38485076`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,C65
`Chr8:38485077`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,C59
`Chr8:38485078`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B77,D2,D3
`Chr8:38485080`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779851.1

319 aa

160

319

Myb_DNA-bind_4

PF13837 Myb_DNA-bind_4 139-208 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779851.1`	Pfam	`PF13837`	Myb_DNA-bind_4	Domain	139	208	2.4e-08	34.9	Myb/SANT-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923868.1
ATGCTTTTCAGGATTCTGGTTGGGAGCTTGTTAGGTGGGCACAGCCCAACATGGTCTCTCGATACTTATCAGATATTTCGATTGCTTGTGACCTGTAGAAAGGCTCTTCAGATTTTAGCTGTAGCTTCTAGCAAAGATAATGTGGATGGAAGTCAATCTCCACTTTGCTTGTTTCCTTTGCCATGGCTTCTAAAATCATTGTCAGTGGCAATTAATAAGTTTCAACATGCATTCCCTAAAGATGTAGCTTTTGAAGCTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998452
ATGCTTTTCAGGATTCTGGTTGGGAGCTTGTTAGGTGGGCACAGCCCAACATGGTCTCTCGATACTTATCAGATATTTCGATTGCTTGTGACCTGTAGAAAGGCTCTTCAGATTTTAGCTGTAGCTTCTAGCAAAGATAATGTGGATGGAAGTCAATCTCCACTTTGCTTGTTTCCTTTGCCATGGCTTCTAAAATCATTGTCAGTGGCAATTAATAAGTTTCAACATGCATTCCCTAAAGATGTAGCTTTTGAAGCTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779851.1
MLFRILVGSLLGGHSPTWSLDTYQIFRLLVTCRKALQILAVASSKDNVDGSQSPLCLFPLPWLLKSLSVAINKFQHAFPKDVAFEARAALFSFLDYTSHVLLLVTKNQYEHAISSVVSVRYSHTKRDKADHGSRYLLNRGNFRXKDWXEVADAVNMRHGHTKKTRHTDVRCKNQIDTLKKKYKTERAKITCSNRALSSSWSFFQQLELLIGSIFQSHQNKVASSGSGTATVTVTGMPFQSPQSTLPMSLPSPPMAVPLPC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器