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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003581

染色体: Chr08 坐标: 38588328-38597372 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003581
名称SmilChr08G003581
描述uncharacterized SmilChr08G003581
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向38588328 - 38597372 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996689
GeneID130996689
locus_tag-
NCBI NameLOC130996689
原始查询SmilChr08G003581

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996689

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057777970.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057777970.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777970.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777970.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777970.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:38588740 GAT G 2bp_deletion frameshift_variant 6 A16,A19,A4,B123,C11,C38
Chr8:38588744 A ATC 2bp_insertion frameshift_variant 9 B31,B34,B51,B72,B86,C29,C36,C51,C69
Chr8:38588766 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B130,B21,B44,B70,C87
Chr8:38588771 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr8:38588774 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,C8,D11
Chr8:38588797 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr8:38589800 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A9,B113,D5
Chr8:38589800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B113,D5
Chr8:38589802 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,B36,C75
Chr8:38589842 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 4 B110,B27,C21,C82
Chr8:38589842 G GT 1bp_insertion CDS_variant 4 B110,B27,C21,C82
Chr8:38589876 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 196 A1,A10,A11,A13,A16,A2,A24,A3,A4,A5,A7,A8,A9,B1,B10,B101,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B113,B114,B115,B117,B118,B12,B121,B123,B124,B126,B127,B128,B131,B132,B134,B135,B136,B138,B139,B140,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B27,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B42,B43,B47,B48,B49,B5,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B68,B7,B71,B72,B73,B74,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B98,B99,C1,C10,C11,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C28,C29,C3,C30,C31,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C69,C70,C71,C74,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C87,C9,D11,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

18 records

下载 cDNA FASTA
XR_009092721.1
ACTCGAATGCGTTAGAGATGTTGTATTGTGAATAAAGATTTGTTTATGAATAGAAGAATGAGGTTGTTTGGAGTGTTTGTTTGTTGTTTTGGTTTGTAGAGAGGAATAATTTAGGGCCAAGAATGGGGAAAATTCTATGGTGCGGAAGCTTCAATACAACTCGGCCGTTACGATTGAGATACGTGTAATGTCAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAGAGGTAACCATGGTTTGGCTGGCCGCCCGAGGAAAAAATTGCAGAAAT...
XR_009092730.1
ACTCGAATGCGTTAGAGATGTTGTATTGTGAATAAAGATTTGTTTATGAATAGAAGAATGAGGTTGTTTGGAGTGTTTGTTTGTTGTTTTGGTTTGTAGAGAGGAATAATTTAGGGCCAAGAATGGGGAAAATTCTATGGTGCGGAAGCTTCAATACAACTCGGCCGTTACGATTGAGATACGTGTAATGTCAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAGAGGTAACCATGGTTTGGCTGGCCGCCCGAGGAAAAAATTGCAGAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996689
ATGAGGCGATCACTGTTTCGGCCAAGGGCTCTCGATATTTGCGCCAGATTTTTCAACGGGAACATGATGGTTGCTTTCAAAACAGGTGATTACAAACAGCAAGTTATTTTTATTGGTGGGCAGTGGGCTGACCGATGGGTTTTTGGCTACCGTGAGATTTTGGGGGAATTAAGATTTTGTCAAGAGGTTCAAGCAGAGCCTGTATCTCGAGCTCTGAGCTGCTCGTGCAGGGATGACGACGTTGCAAAGTGGAAGAAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777970.1
MRRSLFRPRALDICARFFNGNMMVAFKTGDYKQQVIFIGGQWADRWVFGYREILGELRFCQEVQAEPVSRALSCSCRDDDVAKWKKVEMVLEAYGSDANSILQLTTSKRTVTERQRAILEEFEKEQLDENNRSGAGSWDMDFDKIFSTCLLL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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