当前解析结果
SmilChr08G003627| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003627 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003627 |
| 描述 | uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 39520083 - 39520529 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998463 |
|---|---|
| GeneID | 130998463 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998463 |
| 原始查询 | SmilChr08G003627 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | ATMG00810- identity=34.6; qcov=0.919; evalue=1.53e-22; confidence=low |
| Rice | Os08g0125300- identity=38.9; qcov=0.885; evalue=1.81e-28; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998463 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057779866.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057779866.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779866.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779866.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057779866.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:39520082 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B20 |
Chr8:39520140 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 69 | A10,A19,A24,B1,B10,B103,B106,B110,B113,B117,B118,B119,B121,B124,B133,B135,B136,B21,B25,B27,B29,B30,B37,B38,B39,B40,B48,B59,B6,B60,B66,B69,B75,B77,B78,B82,B85,B90,B92,B94,B98,B99,C13,C15,C19,C27,C29,C30,C38,C4,C40,C42,C45,C48,C50,C52,C53,C55,C64,C65,C66,C7,C74,C76,C78,C83,C87,D1,D8 |
Chr8:39520157 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 7 | B107,B108,B33,B56,B96,C65,D4 |
Chr8:39520209 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | D10,D11 |
Chr8:39520217 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B86,B97,D2 |
Chr8:39520231 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B27,B46 |
Chr8:39520234 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A7,B114,C15,C25 |
Chr8:39520240 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C59 |
Chr8:39520273 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C81 |
Chr8:39520342 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr8:39520436 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 59 | A13,A16,A21,A24,A3,B101,B102,B104,B106,B107,B11,B118,B123,B131,B134,B137,B14,B16,B18,B2,B20,B22,B30,B4,B54,B57,B6,B63,B64,B67,B71,B75,B8,B81,B83,B86,B89,B91,B97,C13,C18,C23,C28,C33,C38,C46,C49,C54,C57,C59,C6,C67,C69,C72,C79,C80,C85,D2,D9 |
Chr8:39520485 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 15 | B106,B134,B22,B4,B54,B57,B67,B75,B83,C34,C49,C6,C72,C79,C85 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。