当前解析结果
SmilChr08G003668| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003668 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003668 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G003668 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 40545083 - 40546574 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130998471 |
|---|---|
| GeneID | 130998471 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998471 |
| 原始查询 | SmilChr08G003668 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=36.5; qcov=0.466; evalue=1.01e-40; confidence=medium |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF24964 (DUF7769) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998471 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057779874.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057779874.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057779874.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779874.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057779874.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:40545088 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 47 | A18,A23,A3,A4,A8,B101,B103,B106,B112,B115,B131,B132,B134,B2,B22,B23,B41,B42,B54,B55,B57,B63,B71,B81,B83,B89,B93,B95,B98,C12,C19,C2,C3,C48,C6,C61,C69,C70,C72,C77,C8,C80,C82,C84,C85,D5,D8 |
Chr8:40545106 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A6,C20 |
Chr8:40545156 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C32,C45,C59,C62 |
Chr8:40545169 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B19,B22,D6 |
Chr8:40545192 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B38,B39,D5 |
Chr8:40545213 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B33,B49,C32,C52,C68 |
Chr8:40545235 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B108,B111,B79,C43 |
Chr8:40545299 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C74 |
Chr8:40545302 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | A6,C20 |
Chr8:40545302 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A6,C20 |
Chr8:40545323 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B105,B67,B74,B97 |
Chr8:40545344 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B120 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779874.1PF24964
DUF7769 6-60 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779874.1 |
Pfam | PF24964 |
DUF7769 | Domain | 6 | 60 | 5.7e-09 | 36.2 | Domain of unknown function (DUF7769) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。