Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003689`

染色体: Chr08 坐标: 41203466-41206480 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003689`
名称	SmilChr08G003689
描述	uncharacterized SmilChr08G003689
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	41203466 - 41206480 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998478`
GeneID	`130998478`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998478`
原始查询	`SmilChr08G003689`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G01050` (AT2G01050) zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629] identity=30.9; qcov=0.302; evalue=2.49e-24; confidence=low
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998478

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057779880.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057779880.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057779880.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057779880.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779880.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:41203467`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B22,C11,C19,C54
`Chr8:41203476`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B66,B8
`Chr8:41203506`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B54,C18
`Chr8:41203523`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B131,B19,B20,C41
`Chr8:41203536`	`T`	`TGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	A8,B15,C69
`Chr8:41203536`	`T`	`TGA`	2bp_insertion	CDS_variant	3	A8,B15,C69
`Chr8:41203552`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	A8,B15,C69
`Chr8:41203552`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	3	A8,B15,C69
`Chr8:41203652`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B118,B4,B44,B62
`Chr8:41203658`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B66,B8
`Chr8:41203684`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A15,B36,B37,C57
`Chr8:41203708`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923897.1
ATGCTGCGGAAGATGTTGATCGAAAATAACAGATGCTGCTCGGAGGAGAAGGCTGAACTGGAGTCCAAAGAAGTGGCCGGAACTGCTGCTGCTTGCTCCGATGGTCAAGGCTTCTGCGGCGCGTCTGTAGTCTCTCTGAACGGACCAGCAAGGCAGCAAGGCAGGCGGCAAAGGGAGCAGCTGTTCCAACTGAACAAGTTCAAACATGCTCTTATTGGAAGATTGATGCTGAATAAAGGTGATAAGCCAAGACAAACTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998478
ATGCTGCGGAAGATGTTGATCGAAAATAACAGATGCTGCTCGGAGGAGAAGGCTGAACTGGAGTCCAAAGAAGTGGCCGGAACTGCTGCTGCTTGCTCCGATGGTCAAGGCTTCTGCGGCGCGTCTGTAGTCTCTCTGAACGGACCAGCAAGGCAGCAAGGCAGGCGGCAAAGGGAGCAGCTGTTCCAACTGAACAAGTTCAAACATGCTCTTATTGGAAGATTGATGCTGAATAAAGGTGATAAGCCAAGACAAACTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779880.1
MLRKMLIENNRCCSEEKAELESKEVAGTAAACSDGQGFCGASVVSLNGPARQQGRRQREQLFQLNKFKHALIGRLMLNKGDKPRQTRDLKEELQGLWKPSAPWHLMPLGKGYYTLKFQSQKDKAAAKEKLLWELSVGSIRLREWVRYFDPYKESSSIAQIWVRIYYLPVELWHPEVILGIGRWLGQPLKIDGISMTEDVGSYMRMLVEVDLAQPLPETMNIDGGDYSFPVEFCYESIPLFCTRCKITGHSMDKCRRGAKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器