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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003693

染色体: Chr08 坐标: 41312428-41320540 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003693
名称SmilChr08G003693
描述uncharacterized SmilChr08G003693
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向41312428 - 41320540 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997076
GeneID130997076
locus_tag-
NCBI NameLOC130997076
原始查询SmilChr08G003693

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830523]; symbol=AT5G06350; hit=AT5G06350; species=arabidopsis; confidence=high
产物ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830523]; symbol=AT5G06350; hit=AT5G06350; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G06350 (AT5G06350)
ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830523]
identity=45.9; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0466700
-
identity=38.8; qcov=0.958; evalue=1.54e-143; confidence=medium
GOGO:0005634 (nucleus)
KEGGsmil03083 (Polycomb repressive complex - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF12333 (Ipi1_N); PF25781 (TPR_TEX10)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997076

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778331.1
2 Nucleolus 核仁 0.80000 XP_057778332.1
3 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057778331.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057778331.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778331.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:41312776 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,C13,C22,C4
Chr8:41314072 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr8:41314155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B19,B22,B27,D4,D6
Chr8:41315927 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr8:41316562 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:41316869 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B33,C32,C68
Chr8:41317680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:41317822 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr8:41317851 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr8:41318050 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr8:41318687 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,B44,B81,C12,C83
Chr8:41318705 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,C24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778331.1
864 aa
N
1
432
864
Ipi1_N
TPR_TEX10
TPR_TEX10
C
PF12333 Ipi1_N 146-207 aa PF25781 TPR_TEX10 493-612 aa PF25781 TPR_TEX10 632-834 aa
XP_057778332.1
716 aa
N
1
358
716
Ipi1_N
TPR_TEX10
C
PF12333 Ipi1_N 146-207 aa PF25781 TPR_TEX10 493-612 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778331.1 Pfam PF12333 Ipi1_N Repeat 146 207 2.3e-06 28.7 Rix1 complex component involved in 60S ribosome maturation
XP_057778331.1 Pfam PF25781 TPR_TEX10 Repeat 493 612 3.2e-16 60.0 TEX10-like, TPR repeats
XP_057778331.1 Pfam PF25781 TPR_TEX10 Repeat 632 834 3.2e-16 60.0 TEX10-like, TPR repeats
XP_057778332.1 Pfam PF12333 Ipi1_N Repeat 146 207 1.9e-06 29.0 Rix1 complex component involved in 60S ribosome maturation
XP_057778332.1 Pfam PF25781 TPR_TEX10 Repeat 493 612 3.5e-13 50.0 TEX10-like, TPR repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009092917.1
AGTTAACGCCGTTAAACAAATAACCGCCACTTTTCTCATTCCCTCCCAACCCATATTGCTTAAAACCTTAAACCCTAATTCATGAATTTAGGATTTCTGTTGATTAGTTCTTCGACGATTGAGCTACACAACTTTTCACTCGTGTCTGAACTTCGTTAGGTATCAGGCTGAAGAAGGTCAACCATGGTGAAACCGAAATCCCAATCGAAGAAATCCAAAAGAGGCGGGGTGGATTTCAAAAAATTTAAGCGGAAAATCGG...
XR_009092918.1
AGTTAACGCCGTTAAACAAATAACCGCCACTTTTCTCATTCCCTCCCAACCCATATTGCTTAAAACCTTAAACCCTAATTCATGAATTTAGGATTTCTGTTGATTAGTTCTTCGACGATTGAGCTACACAACTTTTCACTCGTGTCTGAACTTCGTTAGGTATCAGGCTGAAGAAGGTCAACCATGGTGAAACCGAAATCCCAATCGAAGAAATCCAAAAGAGGCGGGGTGGATTTCAAAAAATTTAAGCGGAAAATCGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130997076
ATGGTGAAACCGAAATCCCAATCGAAGAAATCCAAAAGAGGCGGGGTGGATTTCAAAAAATTTAAGCGGAAAATCGGCCGGAAATTGCCGCCTCCGAAGAATGCTACTAACACCGAAATAAAATCTAAAGCGATAGTTCTTCCGGAGCAAAGTATAGCGTCTGAAAGGGCGGGTTTAGCAACCAGCAAAAGAGGGTTAACACTGAAGGAGCTTCTTCAGCAGACAAGCCATCATAATGCTAAATCTCGTAAAGATGCACT...
LOC130997076
ATGGTGAAACCGAAATCCCAATCGAAGAAATCCAAAAGAGGCGGGGTGGATTTCAAAAAATTTAAGCGGAAAATCGGCCGGAAATTGCCGCCTCCGAAGAATGCTACTAACACCGAAATAAAATCTAAAGCGATAGTTCTTCCGGAGCAAAGTATAGCGTCTGAAAGGGCGGGTTTAGCAACCAGCAAAAGAGGGTTAACACTGAAGGAGCTTCTTCAGCAGACAAGCCATCATAATGCTAAATCTCGTAAAGATGCACT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057778331.1
MVKPKSQSKKSKRGGVDFKKFKRKIGRKLPPPKNATNTEIKSKAIVLPEQSIASERAGLATSKRGLTLKELLQQTSHHNAKSRKDALHGIKDIFLNNPDELKLHKLAVVEKLRERIGDDDESVRETLYQLFKSVIFPGGTKDSQGPFVSLMMLYVFNAMAHLALDVRLMAFKFIDLVVQFHPSSFPFYAEKVLHNYENFLRKNQFLEDKGKLKTILSGLIRCLSLLPCEDRDLSAAKNDIPAPEILHAFEPEIAREPIGL...
XP_057778332.1
MVKPKSQSKKSKRGGVDFKKFKRKIGRKLPPPKNATNTEIKSKAIVLPEQSIASERAGLATSKRGLTLKELLQQTSHHNAKSRKDALHGIKDIFLNNPDELKLHKLAVVEKLRERIGDDDESVRETLYQLFKSVIFPGGTKDSQGPFVSLMMLYVFNAMAHLALDVRLMAFKFIDLVVQFHPSSFPFYAEKVLHNYENFLRKNQFLEDKGKLKTILSGLIRCLSLLPCEDRDLSAAKNDIPAPEILHAFEPEIAREPIGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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