Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003717`

染色体: Chr08 坐标: 41818383-41823889 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003717`
名称	SmilChr08G003717
描述	uncharacterized SmilChr08G003717
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	41818383 - 41823889 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998488`
GeneID	`130998488`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998488`
原始查询	`SmilChr08G003717`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0946800; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os01g0946800; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os01g0946800` - identity=20.1; qcov=0.225; evalue=2.01e-08; confidence=weak
GO	GO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity)
KEGG	-
Pfam	PF02902 (Peptidase_C48); PF29561 (DUF8566)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998488

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779889.1`
2	Chromosome	染色体	0.60000	`XP_057779889.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779889.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779889.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057779889.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:41820767`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr8:41821355`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:41821427`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B101,B21,C9
`Chr8:41821432`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B101,B21,C9
`Chr8:41821444`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B101,B21,C9
`Chr8:41821571`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C15,C62
`Chr8:41822262`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B62,C66
`Chr8:41822542`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C17,C21,C68
`Chr8:41822553`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B22,C16,C62,C80,D3
`Chr8:41822603`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B62,C66
`Chr8:41822648`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A5
`Chr8:41822648`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779889.1

1086 aa

543

1086

DUF8566

Peptidase_C48

PF29561 DUF8566 100-301 aa PF02902 Peptidase_C48 909-1045 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779889.1`	Pfam	`PF29561`	DUF8566	Domain	100	301	8.9e-49	166.7	Domain of unknown function (DUF8566)
`XP_057779889.1`	Pfam	`PF02902`	Peptidase_C48	Domain	909	1045	4.3e-08	34.0	Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923906.1
ACGGTTGTCGTCTTCTTGTCTTTACTTTATTTCTCACTTATGATTTAACTCTGTAGGTATTCTGTATGGGTTCGGCAAAAGGCAAAGAAAAGGCTTTAGATGATGGTATAAAGGCTCAAACAGGCAAGAAAAGGAAGAAAGGTGAAGGATCGTCATCTACTCGTGCATCAAAGAAGAAAAAAATCGGAAAATCATCGGGATTGAAAAATGTGGAAGATCAGTCCATGTCAAATGAACCAAAGAGAAAGAGGGGCAAAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998488
ATGGGTTCGGCAAAAGGCAAAGAAAAGGCTTTAGATGATGGTATAAAGGCTCAAACAGGCAAGAAAAGGAAGAAAGGTGAAGGATCGTCATCTACTCGTGCATCAAAGAAGAAAAAAATCGGAAAATCATCGGGATTGAAAAATGTGGAAGATCAGTCCATGTCAAATGAACCAAAGAGAAAGAGGGGCAAAAAAAAGGTTTTTGCAAATCCAAAGAATGTCAAATGTAGAAGACGCGTTCTGCAGAGCAAGAATGGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779889.1
MGSAKGKEKALDDGIKAQTGKKRKKGEGSSSTRASKKKKIGKSSGLKNVEDQSMSNEPKRKRGKKKVFANPKNVKCRRRVLQSKNGVQPKEKADHPQLKTRTTTRAFFKKLAELNDAQKAAVRDIGFGQILGFNVNRVPSKMAYWVLDRFNNRNCTLEIDNLTKVQIEEDDVYRVYGFPKGKKIIKEFERTAVNELFIEWMSFFGVVKRDKIKIKAVLRHMIDCADGGTWFKRHFVIALCFSLMESCTNGTVHPYVFTAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器