Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003736`

染色体: Chr08 坐标: 42219041-42234675 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003736`
名称	SmilChr08G003736
描述	probable carboxylesterase 15
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	42219041 - 42234675 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997107`
GeneID	`130997107`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997107`
原始查询	`SmilChr08G003736`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable carboxylesterase 15
产物	probable carboxylesterase 15
Arabidopsis	`AT5G06570` (AT5G06570) alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830545] identity=53.5; qcov=1.03; evalue=2.94e-112; confidence=high
Rice	`Os07g0162900` (OsCDAP3) - identity=51.4; qcov=0.982; evalue=3.77e-119; confidence=high
GO	GO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00135 (COesterase); PF07859 (Abhydrolase_3); PF10340 (Say1_Mug180); PF20434 (BD-FAE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997107

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057778355.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057778355.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778355.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778355.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778355.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:42219324`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr8:42219490`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:42233783`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr8:42234036`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C55
`Chr8:42234074`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B52,B53,B72,C10,C83
`Chr8:42234245`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B40,C33,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778355.1

327 aa

164

327

COesterase

BD-FAE

Say1_Mug180

Abhydrolase_3

PF00135 COesterase 52-114 aa PF20434 BD-FAE 58-174 aa PF10340 Say1_Mug180 65-288 aa PF07859 Abhydrolase_3 73-302 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778355.1`	Pfam	`PF00135`	COesterase	Domain	52	114	2.5e-07	30.8	Carboxylesterase family
`XP_057778355.1`	Pfam	`PF20434`	BD-FAE	Domain	58	174	9.3e-11	42.4	BD-FAE
`XP_057778355.1`	Pfam	`PF10340`	Say1_Mug180	Family	65	288	1.1e-05	25.2	Steryl acetyl hydrolase
`XP_057778355.1`	Pfam	`PF07859`	Abhydrolase_3	Domain	73	302	2.7e-57	194.6	alpha/beta hydrolase fold

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922372.1
CTTTTGTGAGTCATACATTTATTCACTTTATGCATATTTTCTAATATTATCAATATATATCGTTTCATCCACACCACCCTTATCTTGAACGTACTAAATACAATTTATTGTGTTTCGTGGCAAATCAGATATGAATTGCAATTAATTTATAATTCCTGAAATGTCATTGTCATTTTCATTTCATTTTTGGAGTCGAGGAAATTGGGCGATTGTGGCCTTGTCTTTATCCATTAACCATTATATTGCATTGGAGGCTATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997107
ATGGGGTCCCTTGCTCATGTAGTGGAAGATTGTCTAGGAATTGTAAAAGTGTTTAGCGACGGCTCCATTTCCCGCACCGACGACGTCAAATTCCCCATGAAAGTGGAGGACGACGGCACCGCCGTCTGGAAAGACTGCTTATACGACATCCACAACAACCTCCACCTCCGCCTCTACAAGCCCCGCGCCGCCCCCGCCGCCGCCCTCCCCGTTCTCTACTACTTCCACGGCGGTGGCTTCTGCATCGGCTCCAGGACCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778355.1
MGSLAHVVEDCLGIVKVFSDGSISRTDDVKFPMKVEDDGTAVWKDCLYDIHNNLHLRLYKPRAAPAAALPVLYYFHGGGFCIGSRTWPNCHSCCLRLASALKVLVVAPDYRLAPEHRLPAAIEDAHTSLKWLQQQALLTDGGGGDEWLREGIDFGRVFVVGDSSGGNLAHHMAVELRRGSPELAPVRVRGYVLMAPFFGGIVRTKSEAEGPPEQYLNLEILDRFWRLSIESSPSGEVLDHPFANPFGPSSPSLDSIKFDP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器