当前解析结果
SmilChr08G003746| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003746 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003746 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G003746 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 42473509 - 42473847 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998499 |
|---|---|
| GeneID | 130998499 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998499 |
| 原始查询 | SmilChr08G003746 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF31073 (DUF8803) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998499 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057779899.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057779899.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779899.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779899.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057779899.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:42473512 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A15,B109,C62 |
Chr8:42473527 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B98,C78 |
Chr8:42473538 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B67,B97 |
Chr8:42473539 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C52,C62 |
Chr8:42473553 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B76,C22,C3 |
Chr8:42473560 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C47,C52 |
Chr8:42473572 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr8:42473577 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B71,B87,D10 |
Chr8:42473581 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B41,C39 |
Chr8:42473589 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B39,D1 |
Chr8:42473664 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B134 |
Chr8:42473700 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B20,B3,B39 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779899.1PF31073
DUF8803 36-96 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779899.1 |
Pfam | PF31073 |
DUF8803 | Domain | 36 | 96 | 5.3e-09 | 36.5 | Domain of unknown function (DUF8803) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。