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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003751

染色体: Chr08 坐标: 42550224-42554243 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003751
名称SmilChr08G003751
描述calcium-dependent protein kinase 20-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向42550224 - 42554243 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997118
GeneID130997118
locus_tag-
NCBI NameLOC130997118
原始查询SmilChr08G003751

查看完整 ID 对照表

已核对的文献基因名映射

这些条目来自人工核对的文献基因名与当前参考基因组的映射。置信度反映映射证据强度，不代表该功能已在本材料中完成实验验证。

文献基因名映射置信度映射证据文献功能摘要
SmCPK20medium-highWebsite function annotation keyword: calcium-dependent protein kinase 20-likePhosphorylates SmWRKY2 to regulate JA-mediated tanshinone synthesis.

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述calcium-dependent protein kinase 20-like
产物calcium-dependent protein kinase 20-like
ArabidopsisAT2G38910 (CPK20)
calcium-dependent protein kinase 20 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818476]
identity=73.2; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0788500 (CDPK10)
-
identity=67.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004683 (calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity); GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005516 (calmodulin binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009931 (calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity); GO:0018105 (peptidyl-serine phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction); GO:0046777 (protein autophosphorylation)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00036 (EF-hand_1); PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13202 (EF-hand_5); PF13405 (EF-hand_6); PF13499 (EF-hand_7); PF13833 (EF-hand_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997118

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057778361.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057778361.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057778361.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057778361.1
5 Cell projection 细胞突起 0.20000 XP_057778361.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:42551216 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr8:42551298 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:42551315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B6,B62,C14,C8
Chr8:42552530 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B28,B7,B80,C62
Chr8:42552751 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B17,C58,D1
Chr8:42553764 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,C20
Chr8:42553773 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778361.1
607 aa
N
1
304
607
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
EF-hand_8
EF-hand_5
EF-hand_1
EF-hand_6
EF-hand_7
EF-hand_8
EF-hand_8
EF-hand_7
EF-hand_6
EF-hand_5
EF-hand_1
EF-hand_5
EF-hand_1
EF-hand_8
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 151-402 aa PF00069 Pkinase 151-408 aa PF13833 EF-hand_8 438-477 aa PF13202 EF-hand_5 456-478 aa PF00036 EF-hand_1 456-482 aa PF13405 EF-hand_6 456-483 aa PF13499 EF-hand_7 456-516 aa PF13833 EF-hand_8 468-518 aa PF13833 EF-hand_8 524-548 aa PF13499 EF-hand_7 525-587 aa PF13405 EF-hand_6 528-556 aa PF13202 EF-hand_5 529-551 aa PF00036 EF-hand_1 529-553 aa PF13202 EF-hand_5 562-586 aa PF00036 EF-hand_1 562-587 aa PF13833 EF-hand_8 562-588 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778361.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 151 402 6.8e-26 91.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057778361.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 151 408 4.3e-78 263.1 Protein kinase domain
XP_057778361.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 438 477 6.9e-20 71.3 EF-hand domain pair
XP_057778361.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 456 478 4.2e-24 83.6 EF hand
XP_057778361.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 456 482 3.1e-34 114.7 EF hand domain
XP_057778361.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 456 483 7.1e-27 91.2 EF-hand domain
XP_057778361.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 456 516 5.9e-33 113.8 EF-hand domain pair
XP_057778361.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 468 518 6.9e-20 71.3 EF-hand domain pair
XP_057778361.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 524 548 6.9e-20 71.3 EF-hand domain pair
XP_057778361.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 525 587 5.9e-33 113.8 EF-hand domain pair
XP_057778361.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 528 556 7.1e-27 91.2 EF-hand domain
XP_057778361.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 529 551 4.2e-24 83.6 EF hand
XP_057778361.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 529 553 3.1e-34 114.7 EF hand domain
XP_057778361.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 562 586 4.2e-24 83.6 EF hand
XP_057778361.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 562 587 3.1e-34 114.7 EF hand domain
XP_057778361.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 562 588 6.9e-20 71.3 EF-hand domain pair

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922378.1
TGTTGTCTCTGGACGTGATATTATTATTATTATTATGTGGCATCCCTGCATGGGCATTGCATGAATTTGATGATATTCAAAATTAATGAGTTTGTAGAATTCGCCACCATCTCCTGCGATTCTGCCTGTGTGGAACAAGAACATGTAGAATGCAACCACAATTCTCATCCGAGTTGACTCACCCACTACTCTCATATCATTTTCACATTTCTCTCCATCCCATTTTCTCTCCCTCTTCCGCTCATATTTTTTTCCGCACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997118
ATGGGGAATACATGCGCAGGGCCAAAGACAGGGAAGAATGGATTCTTCCAATCCATGACCGCCGCCGTCTGGAAGCCCAAGCAGGGCCTTCCGGCGCCGGATCAGGACTCCGGCGACAGCACCCAAAACAAGGAGAACTCCGTCAATTCCGACGGCAAGGACTCCGGCTCCACCCGCTCCGATGTGCAGAGCACCCCGCCGACGCCGATGAAAATCACGCCCGACGAGCCGAAGAAACCTGATCCTCCGCCGCCGCCGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778361.1
MGNTCAGPKTGKNGFFQSMTAAVWKPKQGLPAPDQDSGDSTQNKENSVNSDGKDSGSTRSDVQSTPPTPMKITPDEPKKPDPPPPPQQQQNNQPPKAETANNTNAAAANDKPADAAAKQNKPTHIKRVSSAGLQVESVLQRKTENMKEKFTLGRKLGQGQFGTTFLCVEKGTNKEFACKTIAKRKLTTPEDVEDVRREIQIMHHLAGHPNVISIVGAFEDAVAVHVVMELCAGGELFDRIIQRGHYTERKAAELARIIVG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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