Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003754`

染色体: Chr08 坐标: 42742804-42745725 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003754`
名称	SmilChr08G003754
描述	subtilisin-like protease SBT1.5
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	42742804 - 42745725 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997121`
GeneID	`130997121`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997121`
原始查询	`SmilChr08G003754`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	subtilisin-like protease SBT1.5
产物	subtilisin-like protease SBT1.5
Arabidopsis	`AT3G14240` (AT3G14240) Subtilase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820644] identity=53.1; qcov=0.965; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0452100` (OsSub56) - identity=54.8; qcov=0.905; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG	-
Pfam	PF00082 (Peptidase_S8); PF02225 (PA); PF05922 (Inhibitor_I9); PF17766 (fn3_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997121

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.60000	`XP_057778367.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.40000	`XP_057778367.1`
3	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057778367.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778367.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778367.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:42743206`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr8:42743240`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,B29
`Chr8:42743355`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr8:42743599`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr8:42743611`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C35
`Chr8:42743758`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr8:42743842`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B26,B83,C59
`Chr8:42744303`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,B56,B94
`Chr8:42745052`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr8:42745077`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C10
`Chr8:42745077`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr8:42745342`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778367.1

790 aa

395

790

Inhibitor_I9

Peptidase_S8

fn3_6

PF05922 Inhibitor_I9 31-119 aa PF00082 Peptidase_S8 144-604 aa PF02225 PA 407-481 aa PF17766 fn3_6 680-784 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778367.1`	Pfam	`PF05922`	Inhibitor_I9	Domain	31	119	4.9e-16	59.9	Peptidase inhibitor I9
`XP_057778367.1`	Pfam	`PF00082`	Peptidase_S8	Domain	144	604	7.3e-48	164.0	Subtilase family
`XP_057778367.1`	Pfam	`PF02225`	PA	Domain	407	481	2.3e-13	50.8	PA domain
`XP_057778367.1`	Pfam	`PF17766`	fn3_6	Domain	680	784	2.5e-23	82.9	Fibronectin type-III domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922384.1
GCATTAGAAATTCACAATATATGGTTAAATTAGTGGTTACATAGTTGTGAGCAAATGCGTGAGTTTTCCGACTTGAAAAGCAAGACTCACAGTTTCGCCACCTTCGCATGGGCATCTGATCATGCAAATCTCGTACTCCTATTTTTGGCCATTTTCTGGGATTTTCAACGTTTCATGCACCCTTTTACGACTTCGTTTTTTTGTCTCTTTTCTGCAATATTTTCCAATAAATACGAGGTGGATGACTCATTAATTATCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997121
ATGGGCCGTTTCCGGCCTCTTCTCTTCATTTTTCCTCTTCTATTTTCGGCCGTTTTCGGAGAAATTGATGATGATACTGAAAATGCTCAAACATTCATCGTTAGAGTCGACAACGAGTTGAGACCGTCGGCTTTCTCCGACGTACAACACTGGTACAAATCTACTCTTCGTAACCTAGATTCAAACCTAATTAAGAGCTCCGAAACCGAAGGAATCGGAAAATCCCGAGAATTTCTGCATATTTACCGAACTGTTTTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778367.1
MGRFRPLLFIFPLLFSAVFGEIDDDTENAQTFIVRVDNELRPSAFSDVQHWYKSTLRNLDSNLIKSSETEGIGKSREFLHIYRTVFHGFSAKLTPKLAQQLTKRPEVIAVIPDRLRQLHTTRSPRFLGLSYANPGGLLSESDSGANVIIGLLDTGIWPERRSFHDDNLGPIPSNWRGECVEGQNFTKAHCNKKIIGARYFSDGYEARRGRINSSEEVKSARDTNGHGTHTASTAAGRAVGNASLFGYAAGVSIGVAPKAR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器