Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003773`

染色体: Chr08 坐标: 43219104-43223478 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003773`
名称	SmilChr08G003773
描述	uncharacterized SmilChr08G003773
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	43219104 - 43223478 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131002036`
GeneID	`131002036`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131002036`
原始查询	`SmilChr08G003773`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0568700; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os11g0568700; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G06440` (AT5G06440) polyketide cyclase/dehydrase/lipid transport superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830532] identity=43.9; qcov=0.783; evalue=2.18e-115; confidence=medium
Rice	`Os11g0568700` - identity=44.8; qcov=0.783; evalue=5.26e-120; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131002036

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057784690.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057784690.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057784690.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784690.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784690.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:43219880`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr8:43219883`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B4
`Chr8:43220076`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr8:43220181`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:43220221`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B24,C65
`Chr8:43220288`	`TAG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B46
`Chr8:43220288`	`TAG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B46
`Chr8:43221570`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59
`Chr8:43222152`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:43222195`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928707.1
AGATTTATCATCACATGACACCGATAAATACAATAATCATCAAAATTCGCAAGTCAAGATTTATCCCGGATTAAAGAAACCTGCTTTAAATAAGCTGAAATCTACCTTTTCCGGAGCACTAATTATGAGAATTCGAAGCCGTAATGATTATGGTCAACTGATTAGGATTCCCATTTCGGAATGAAGTAAAAACAATAATTCCCATCAGCACAACACAAGATAGAAAAGAAGACGACGACACAACACATAATCAAAGTTAA...

XM_057928708.1
AGGTAATGTTGTCTTGTTTTTCTGTAAGGCCGTGATTGAAAATTTCCAGCAGACTTTTCATTAATGAATGTGCTATTTCAAGTATTTGGGGCCTCCTTCTTTTTGTCTTCACAAAGAAATCCATATTTCTTCTTCTGTGGTTGAGAAGGGTATCACTGAATTTGCAGTGGTCAATTGTGGTCTCAATCTGACTATTCAAGGAGAAATCAAGAAAATGGTACAACTATTTGCTAGAACTTAGTCGTTGATTCCTTGCTTTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131002036
ATGGGTGGGGAAGGCCATATCTCCGATTACAGAAGCCGGTTGGAGAAGACACTGACATCACCTGAACTTACCAATGAAGAAATGGTTCATACCCTTGTCAAGAATCAAATTTTGCAGACAATGGATTCTCAGTTAGGAGAATACACTGACTGCGCGATTGAAAGAAGGAGCAAAGAAGTGTTTAAGTTCCTCAGTGAGCTGAGGAGTGCTTCCAGCAATGATTCACACAGTAATTGGAAAGTAAAACAAGACACTGAAGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057784690.1
MGGEGHISDYRSRLEKTLTSPELTNEEMVHTLVKNQILQTMDSQLGEYTDCAIERRSKEVFKFLSELRSASSNDSHSNWKVKQDTEELRVMYREGPEGTPFHTLLAEGYVDGPVDVCLCISSDADLYKKWWPQIAIPTFRVAASYCVQRVIDGEQIALVRMKLSWPMSGREVIVHYFTFEYFQDGLVVVILNSISDSETIDRSIHGFTGEGIPDAQGVVRMDLYGGFALKKITAERSFFRTIANLDIKLDFVPPAFINFV...

XP_057784691.1
MGGEGHISDYRSRLEKTLTSPELTNEEMVHTLVKNQILQTMDSQLGEYTDCAIERRSKEVFKFLSELRSASSNDSHSNWKVKQDTEELRVMYREGPEGTPFHTLLAEGYVDGPVDVCLCISSDADLYKKWWPQIAIPTFRVAASYCVQRVIDGEQIALVRMKLSWPMSGREVIVHYFTFEYFQDGLVVVILNSISDSETIDRSIHGFTGEGIPDAQGVVRMDLYGGFALKKITAERSFFRTIANLDIKLDFVPPAFINFV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器