Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003774`

染色体: Chr08 坐标: 43228956-43231760 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003774`
名称	SmilChr08G003774
描述	uncharacterized SmilChr08G003774
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	43228956 - 43231760 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998507`
GeneID	`130998507`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998507`
原始查询	`SmilChr08G003774`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=26.9; qcov=0.16; evalue=6.85e-11; confidence=weak
Rice	`Os08g0202300` - identity=32.4; qcov=0.337; evalue=1.91e-52; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF00665 (rve); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF17921 (Integrase_H2C2); PF29688 (TnsB_C); PF31073 (DUF8803)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998507

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057779906.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057779906.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779906.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779906.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779906.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:43228983`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B113,C63,C67
`Chr8:43229062`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr8:43229168`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,B13,B53
`Chr8:43229194`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A15
`Chr8:43229225`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B134,B53,B84,B97,C28
`Chr8:43229235`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B11
`Chr8:43229253`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C25
`Chr8:43229452`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr8:43229492`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr8:43229516`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr8:43229522`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B128,C36
`Chr8:43229577`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	A13,B30,B72,B86,C26,C35,C36,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779906.1

934 aa

467

934

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

RVT_3

Integrase_H2C2

rve

TnsB_C

DUF8803

PF00078 RVT_1 2-152 aa PF17919 RT_RNaseH_2 215-313 aa PF17917 RT_RNaseH 243-342 aa PF13456 RVT_3 377-494 aa PF17921 Integrase_H2C2 585-636 aa PF00665 rve 651-749 aa PF29688 TnsB_C 711-770 aa PF31073 DUF8803 874-933 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779906.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	2	152	2.5e-30	106.6	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057779906.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	215	313	4.8e-20	72.2	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057779906.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	243	342	8.9e-13	49.0	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057779906.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	377	494	1.3e-16	61.3	Reverse transcriptase-like
`XP_057779906.1`	Pfam	`PF17921`	Integrase_H2C2	Domain	585	636	3.6e-10	40.5	Integrase zinc binding domain
`XP_057779906.1`	Pfam	`PF00665`	rve	Domain	651	749	3.3e-19	69.8	Integrase core domain
`XP_057779906.1`	Pfam	`PF29688`	TnsB_C	Domain	711	770	2.7e-10	40.9	TnsB C-terminal domain
`XP_057779906.1`	Pfam	`PF31073`	DUF8803	Domain	874	933	5.3e-23	81.3	Domain of unknown function (DUF8803)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923923.1
ATGTGTGTGGACTACAGAGACCTCAACGCAGCTTGCCCTAAGGACTGTTACCCGCTCCCTCGAATAGATCAACTGGTGGATGCTACTTCAGGGTGTGAACTCTTGTCCATGATGGACGCATACCAAGGATATCATCAGGTAAAGATGCATCCAGATGATGTAGCCAAAACCGCCTTCGCAGTATGCACAGGAGTCTTCGGGTGGGAAAGCATGCCCTTCGGCCTCAAGAATGCAGGGGCCACATACCAGCGTATGATGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998507
ATGTGTGTGGACTACAGAGACCTCAACGCAGCTTGCCCTAAGGACTGTTACCCGCTCCCTCGAATAGATCAACTGGTGGATGCTACTTCAGGGTGTGAACTCTTGTCCATGATGGACGCATACCAAGGATATCATCAGGTAAAGATGCATCCAGATGATGTAGCCAAAACCGCCTTCGCAGTATGCACAGGAGTCTTCGGGTGGGAAAGCATGCCCTTCGGCCTCAAGAATGCAGGGGCCACATACCAGCGTATGATGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779906.1
MCVDYRDLNAACPKDCYPLPRIDQLVDATSGCELLSMMDAYQGYHQVKMHPDDVAKTAFAVCTGVFGWESMPFGLKNAGATYQRMMDKIFRTQLRRNISVYVDDMLVRSIKASSHVADLEETFSVVRKNRLMLNPDKCTFGVQSGKFLGYRVTPEGIEVNNDKVKAILNMTSPRNVKEIQTLNGRITALSRFISRSAERSLPFFKILRKGSRFEWSSECQRAFEDLKAYLTKLPVLTKPSPGEPLYLYISVGVESLSSVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器