当前解析结果
SmilChr08G003778| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003778 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003778 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G003778 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 43350808 - 43351530 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998510 |
|---|---|
| GeneID | 130998510 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998510 |
| 原始查询 | SmilChr08G003778 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os04g0191000- identity=28.3; qcov=1.02; evalue=8.62e-22; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998510 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057779909.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057779909.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057779909.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779909.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779909.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:43350861 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
Chr8:43350883 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A20,B48,B65,C76 |
Chr8:43350892 |
CAA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 36 | A14,A5,A6,B1,B101,B108,B111,B115,B12,B26,B32,B4,B53,B54,B57,B74,B78,B79,B88,B97,B98,B99,C11,C18,C2,C20,C27,C36,C37,C42,C43,C46,C69,C80,C9,D11 |
Chr8:43350900 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 11 | A1,B103,B38,B39,B4,B77,C19,C31,C41,C75,C87 |
Chr8:43350987 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B2,B72 |
Chr8:43351008 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B24,C65 |
Chr8:43351014 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B45,C25,C34,C63,C67 |
Chr8:43351096 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B66,B8 |
Chr8:43351101 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:43351141 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B13,B75,B82 |
Chr8:43351154 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr8:43351164 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B67 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779909.1PF08284
RVP_2 2-109 aa
PF13650
Asp_protease_2 3-89 aa
PF13975
gag-asp_proteas 6-92 aa
PF30863
PRO_PEG10-RTL1 11-109 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779909.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 2 | 109 | 1.6e-24 | 86.9 | Retroviral aspartyl protease |
XP_057779909.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 3 | 89 | 1.6e-09 | 39.0 | Aspartyl protease |
XP_057779909.1 |
Pfam | PF13975 |
gag-asp_proteas | Domain | 6 | 92 | 1.5e-08 | 35.8 | gag-polyprotein putative aspartyl protease |
XP_057779909.1 |
Pfam | PF30863 |
PRO_PEG10-RTL1 | Domain | 11 | 109 | 7e-13 | 49.7 | PEG10/RTL1 protease domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。