Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003783`

染色体: Chr08 坐标: 43650661-43660166 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 ID	`SmilChr08G003783`
名称	SmilChr08G003783
描述	uncharacterized SmilChr08G003783
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	43650661 - 43660166 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998513`
GeneID	`130998513`
locus_tag	`-`
NCBI 名称	`LOC130998513`
原始查询	`SmilChr08G003783`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
拟南芥	`-` -
水稻	`Os12g0292200` - identity=24.24; qcov=0.161; evalue=3.7e-06; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998513

打开注释模块

亚细胞定位候选（最多五项）

预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。

排序	定位位置	预测得分	蛋白 ID
1	细胞质	1.00000	`SmilChr08G003783.1`
2	细胞核	0.40000	`SmilChr08G003783.1`
3	细胞质基质	0.40000	`SmilChr08G003783.1`
4	细胞质颗粒	0.20000	`SmilChr08G003783.1`
5	细胞质核糖核蛋白颗粒	0.20000	`SmilChr08G003783.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	参考等位基因	变异等位基因	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:43650694`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B24
`Chr8:43650755`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr8:43650772`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B33,C32,C68
`Chr8:43650778`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr8:43650789`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr8:43650798`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr8:43650807`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr8:43650832`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B134,B55,C64,D5
`Chr8:43650936`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B124
`Chr8:43650943`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B124,B8,B99
`Chr8:43650949`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B124,B8,B99
`Chr8:43650981`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。蛋白及对应 CDS 使用“基因 ID.序号”；序号在当前参考发布内固定，来源 accession 同时保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923928.1
ATGGCAGAAAATCCAGAAGTAGTGAATGATAATACCAACAAAACCCTTCGGGACATGATGTTCCCGAACAATCTAAACCTCCGGTCGTCTGCCATCGTGCTACCGGAGATCACTGGAAACTGGGAGCTGAAGCATACCCTGATTCAAATCTTGCCCAAGTACAGTGATATGCCCGGGGAGGACTCTCAAAGACATCTTCAGGATTTCGAGATGGCATGCGGAACAGTGCGCACTGCAAGCCAAGCACTTGGTGAATACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

SmilChr08G003783.1 (XP_057779911.1)
ATGGCAGAAAATCCAGAAGTAGTGAATGATAATACCAACAAAACCCTTCGGGACATGATGTTCCCGAACAATCTAAACCTCCGGTCGTCTGCCATCGTGCTACCGGAGATCACTGGAAACTGGGAGCTGAAGCATACCCTGATTCAAATCTTGCCCAAGTACAGTGATATGCCCGGGGAGGACTCTCAAAGACATCTTCAGGATTTCGAGATGGCATGCGGAACAGTGCGCACTGCAAGCCAAGCACTTGGTGAATACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

SmilChr08G003783.1 (XP_057779911.1)
MAENPEVVNDNTNKTLRDMMFPNNLNLRSSAIVLPEITGNWELKHTLIQILPKYSDMPGEDSQRHLQDFEMACGTVRTASQALGEYIRLLTFPFSLLEGVREWLYDLPEGSIRTWQELQSKFLEKYFPAARIQNLRTRISNIKMGKFQALDTMATDEQIRALQEQLQQLLDAQAAKEAQNQPSIAEMFVPQYIYQEPPRVNFQQYEGEKLADTWERYQEKLRKCPSHGFDESTLVIMFYNACGERTRMHMDTAAGGSLLQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器