同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003790

染色体: Chr08 坐标: 43722395-43724829 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr08G003790
名称SmilChr08G003790
描述uncharacterized SmilChr08G003790
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向43722395 - 43724829 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131002046
GeneID131002046
locus_tag-
NCBI 名称LOC131002046
原始查询SmilChr08G003790

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830547]; symbol=AT5G06590; hit=AT5G06590; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830547]; symbol=AT5G06590; hit=AT5G06590; species=arabidopsis; confidence=medium
拟南芥AT5G06590 (AT5G06590)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830547]
identity=41.51; qcov=0.996; evalue=7.45e-71; confidence=medium
水稻Os12g0623400
-
identity=48.1; qcov=0.28; evalue=1.06e-13; confidence=weak
GOGO:0000940 (outer kinetochore); GO:0007059 (chromosome segregation)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131002046

打开注释模块

亚细胞定位候选(最多五项)

预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 细胞核 1.00000 SmilChr08G003790.1
2 核膜 0.40000 SmilChr08G003790.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:43722691 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr8:43722961 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B56,B96,D4
Chr8:43723546 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr8:43724305 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B84
Chr8:43724305 AAT A 2bp_deletion CDS_variant 1 B84
Chr8:43724667 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。蛋白及对应 CDS 使用“基因 ID.序号”;序号在当前参考发布内固定,来源 accession 同时保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928718.1
TGCAAATGTATTAAAGGCGGCATTACAGGCAGAGAGGAGAAAAATTTGAAAAGAAAAGACGATGGAGGAACCCGTCGGAAAATTGTGCACAACGCTGGCGAAATTCTGCAACCACCTCCAAACTAGCTGCGCCGCCCTTAAAGAGTCCGTCGACCGCCGCCCAATCCCCCTCGATTCCGCTTCAACAACCTTCATTCAAAGCGTTAATCGGAGAGTATCCGCCGCCGGCGACGACCTCAACATTCTGGAATCCATGTCAT...
XM_057928717.1
AATGTATTAAAGGCGGCATTACAGGCAGAGAGGAGAAAAATTTGAAAAGAAAAGACGATGGAGGAACCCGTCGGAAAATTGTGCACAACGCTGGCGAAATTCTGCAACCACCTCCAAACTAGCTGCGCCGCCCTTAAAGAGTCCGTCGACCGCCGCCCAATCCCCCTCGATTCCGCTTCAACAACCTTCATTCAAAGCGTTAATCGGAGAGTATCCGCCGCCGGCGACGACCTCAACATTCTGGAATCCATGTCATTCGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
SmilChr08G003790.1 (XP_057784700.1)
ATGGAGGAACCCGTCGGAAAATTGTGCACAACGCTGGCGAAATTCTGCAACCACCTCCAAACTAGCTGCGCCGCCCTTAAAGAGTCCGTCGACCGCCGCCCAATCCCCCTCGATTCCGCTTCAACAACCTTCATTCAAAGCGTTAATCGGAGAGTATCCGCCGCCGGCGACGACCTCAACATTCTGGAATCCATGTCATTCGCGACGGTGTCGTTTGAGGAGCTCTTGGGACACTGCAATGAGGTCTTGAAGAAGAATCG...
SmilChr08G003790.2 (XP_057784701.1)
ATGGAGGAACCCGTCGGAAAATTGTGCACAACGCTGGCGAAATTCTGCAACCACCTCCAAACTAGCTGCGCCGCCCTTAAAGAGTCCGTCGACCGCCGCCCAATCCCCCTCGATTCCGCTTCAACAACCTTCATTCAAAGCGTTAATCGGAGAGTATCCGCCGCCGGCGACGACCTCAACATTCTGGAATCCATGTCATTCGCGACGGTGTCGTTTGAGGAGCTCTTGGGACACTGCAATGAGGTCTTGAAGAAGAATCG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
SmilChr08G003790.1 (XP_057784700.1)
MEEPVGKLCTTLAKFCNHLQTSCAALKESVDRRPIPLDSASTTFIQSVNRRVSAAGDDLNILESMSFATVSFEELLGHCNEVLKKNRNDISDLQDHLYSSSNYIPPLDFDEEAEVDDFSLDTFSPGSGVELKRSDDVEDDPLLDDSLSLKKFGISDSSLAAIASQAHNKCEMYESDFEIEEGRTDEMKECEDSRISLNVTRDDYESLPKHMKGLASWEDLQNAVAKINSCIGSKKTKAETFQQDEIELLGLGYKARSYLL...
SmilChr08G003790.2 (XP_057784701.1)
MEEPVGKLCTTLAKFCNHLQTSCAALKESVDRRPIPLDSASTTFIQSVNRRVSAAGDDLNILESMSFATVSFEELLGHCNEVLKKNRNDISDLQDHLYSSSNYIPPLDFDEEAEVDDFSLDTFSPGSGVELKRSDDVEDDPLLDDSLSLKKFGISDSSLAAIASQEGRTDEMKECEDSRISLNVTRDDYESLPKHMKGLASWEDLQNAVAKINSCIGSKKTKAETFQQDEIELLGLGYKARSYLLLLLKMNRLRIETNEG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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