Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003800`

染色体: Chr08 坐标: 43919594-43923462 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003800`
名称	SmilChr08G003800
描述	syntaxin-132-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	43919594 - 43923462 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999620`
GeneID	`130999620`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999620`
原始查询	`SmilChr08G003800`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	syntaxin-132-like
产物	syntaxin-132-like
Arabidopsis	`AT3G03800` (SYP131) syntaxin of plants 131 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821141] identity=67.8; qcov=1.01; evalue=2.41e-137; confidence=high
Rice	`Os07g0164300` (P0428D12.123) - identity=62.6; qcov=0.914; evalue=3.12e-121; confidence=high
GO	GO:0000149 (SNARE binding); GO:0005484 (SNAP receptor activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0006887 (exocytosis); GO:0006906 (vesicle fusion); GO:0012505 (endomembrane system); GO:0031201 (SNARE complex); GO:0048278 (GO:0048278)
KEGG	smil04130 (SNARE interactions in vesicular transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00804 (Syntaxin); PF05739 (SNARE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999620

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057781191.1`
2	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.20000	`XP_057781191.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781191.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781191.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057781191.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:43919839`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr8:43919960`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:43919994`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr8:43920263`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	9	A21,B115,B137,B18,B20,C18,C44,C54,C86
`Chr8:43920301`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	9	B105,B115,B128,B17,B98,C2,C58,C80,D1
`Chr8:43920307`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60
`Chr8:43920309`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B71,B80
`Chr8:43920434`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	C16,C28,C33,C39,C67
`Chr8:43920485`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B84,C12,C3
`Chr8:43920891`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr8:43922232`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr8:43922233`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A13,B118,B125,C17,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781191.1

304 aa

152

304

Syntaxin

SNARE

PF00804 Syntaxin 33-191 aa PF05739 SNARE 205-282 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781191.1`	Pfam	`PF00804`	Syntaxin	Domain	33	191	4.1e-48	163.9	Syntaxin
`XP_057781191.1`	Pfam	`PF05739`	SNARE	Domain	205	282	1.8e-24	86.1	SNARE domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925208.1
AATATTGAGTGAAGAGGTTTGGCAGATCAAAGTAACGAAAGAGAGAGGCGTTCAAATCTTGTGCCCTCTGCAATCTCTCTTCTCTCTCCTCCCTCTCCATTTATTTGTCTCTCTCTAAATGATGCTGCGTGCATATAGTTTTCCATATATAAAGAAGACAAGAGAAGAGAGATAGAGAGAGGCAGAAGAGGAAGAGAGAAAGAGAGAGGAGAGGGTAATCTTTTCCCCAAAGGAAAGATCTCTTCCTCAATCTAGTCTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999620
ATGAACGATCTTTGGGATTCTCTTTCGCTCCCTCGGGGTCTGTCAAGGAGACAGGACGACATTGAAAAAGGACCTCAGAGATCGGGAGAATTAGGGTTGAAATTCTTCTTTGAAAAGGTTAAAGAGATCGATGAGCCATATGAAAAACTCTCTACACTGCTGAAAAATCTTCAGGATGCTCATGAAGAGTCGAAGGTTGTTACAAGGGCTTCGGATATGAAAGCAATCAAGCATCGAATGGCGAAGGATGTTGATGAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781191.1
MNDLWDSLSLPRGLSRRQDDIEKGPQRSGELGLKFFFEKVKEIDEPYEKLSTLLKNLQDAHEESKVVTRASDMKAIKHRMAKDVDEVGRTARFIKSKIEELDRDNLAIRKKPGCGQGSGVDRTRTVTTVALKKKFKDRMLEFQILKENIHQEHREVVERRIFTVTGTRPSNEIIDKLIETGDSEQIFQKAICEQGRGQIVDTLAEIQERQDAVRDIEKKLMDLHQIFLDMAVLVDAQGDMLNNIESQVHCAVDHVQSGNT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器