Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003811`

染色体: Chr08 坐标: 44259504-44260691 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003811`
名称	SmilChr08G003811
描述	uncharacterized SmilChr08G003811
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	44259504 - 44260691 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998522`
GeneID	`130998522`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998522`
原始查询	`SmilChr08G003811`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc finger MYM-type-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826552]; symbol=AT4G09660; hit=AT4G09660; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	zinc finger MYM-type-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826552]; symbol=AT4G09660; hit=AT4G09660; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT4G09660` (AT4G09660) zinc finger MYM-type-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826552] identity=36.7; qcov=1.28; evalue=8.6e-76; confidence=medium
Rice	`Os05g0311600` - identity=43.5; qcov=0.285; evalue=1.15e-15; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14291 (DUF4371)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998522

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057779919.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057779919.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057779919.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779919.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779919.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:44259514`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A25,B24,B37
`Chr8:44259519`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B17
`Chr8:44259519`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B17
`Chr8:44259561`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C30,C64,C66
`Chr8:44259605`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B2,B41,B7,C73,C78
`Chr8:44259702`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	126	A10,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A21,A22,A25,A4,A5,A7,A9,B101,B102,B103,B104,B105,B109,B11,B110,B114,B117,B12,B123,B127,B134,B135,B136,B137,B139,B14,B16,B17,B19,B21,B22,B25,B26,B27,B28,B33,B34,B35,B38,B39,B40,B41,B44,B49,B51,B53,B54,B55,B57,B58,B59,B63,B66,B70,B71,B75,B76,B77,B78,B80,B82,B83,B84,B85,B88,B89,B97,B98,C1,C12,C13,C15,C16,C2,C20,C22,C23,C24,C26,C27,C3,C30,C32,C33,C35,C37,C39,C4,C40,C42,C48,C49,C5,C51,C52,C53,C55,C57,C6,C60,C61,C62,C64,C66,C67,C70,C71,C72,C74,C76,C77,C79,C8,C80,C85,D11,D3,D5,D8
`Chr8:44259788`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B1,B24
`Chr8:44259788`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,B24
`Chr8:44259819`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B24
`Chr8:44259819`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B24
`Chr8:44259855`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C68
`Chr8:44260003`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779919.1

298 aa

149

298

DUF4371

PF14291 DUF4371 1-75 aa PF14291 DUF4371 76-115 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779919.1`	Pfam	`PF14291`	DUF4371	Domain	1	75	5.3e-41	141.4	ZMYM1/FAM200, RNase-like domain
`XP_057779919.1`	Pfam	`PF14291`	DUF4371	Domain	76	115	5.3e-41	141.4	ZMYM1/FAM200, RNase-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923936.1
ATGGAGCTTTTGAATCTTTTGGCTTCTTGTAGTAAAGAGATATCTAATGTTGTGTTGAAGAATGCTCCTGAAAACTTGAAACTTACATCACCTGACATTCAGAAAGATATCATAAATGCAATTGCAGTTGAGACTACTAGAGCTATCATTAATGATATTGGTAATGATTTTTTTGTCATATTAGTTTATGAATGTCGGGATGTGTCTGTCAAAGAGCAAATGGTGACACAAGCTACCTCACTTGAGAAGGGAATTGATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998522
ATGGAGCTTTTGAATCTTTTGGCTTCTTGTAGTAAAGAGATATCTAATGTTGTGTTGAAGAATGCTCCTGAAAACTTGAAACTTACATCACCTGACATTCAGAAAGATATCATAAATGCAATTGCAGTTGAGACTACTAGAGCTATCATTAATGATATTGGTAATGATTTTTTTGTCATATTAGTTTATGAATGTCGGGATGTGTCTGTCAAAGAGCAAATGGTGACACAAGCTACCTCACTTGAGAAGGGAATTGATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779919.1
MELLNLLASCSKEISNVVLKNAPENLKLTSPDIQKDIINAIAVETTRAIINDIGNDFFVILVYECRDVSVKEQMVTQATSLEKGIDSLFSTYGLSISSLRGQGYDGASNMRGSYKRRDMLRESQREKIMEGIASDEIKTGRGLNQEMGTLVGVLITYVGANGTDDSQKYEAMDLLDVISRFEFVFVLHLMKKILGIKHDLSQVLQRKEQDIVNAMRLVNVAKTRLQAMRDKEWEMMLTDISKFCSKNKIEMIDMEDEYAP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器