当前解析结果
SmilChr08G003823| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003823 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003823 |
| 描述 | auxin-responsive protein SAUR21-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 44415499 - 44415753 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998525 |
|---|---|
| GeneID | 130998525 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998525 |
| 原始查询 | SmilChr08G003823 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | auxin-responsive protein SAUR21-like |
| 产物 | auxin-responsive protein SAUR21-like |
| Arabidopsis | AT5G18030 (AT5G18030)SAUR-like auxin-responsive protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831670] identity=64.5; qcov=0.905; evalue=1.11e-35; confidence=medium |
| Rice | Os02g0445600 (OsSAUR9)- identity=61; qcov=0.702; evalue=9.28e-22; confidence=medium |
| GO | GO:0009733 (response to auxin) |
| KEGG | smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF02519 (Auxin_inducible) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998525 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057779922.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057779922.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057779922.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779922.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779922.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:44415537 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A1,C42,D8 |
Chr8:44415609 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 15 | B121,B13,B15,B24,B25,B27,B57,B85,B94,C12,C34,C45,C46,C56,D7 |
Chr8:44415629 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B109,B131,B78 |
Chr8:44415669 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | B134,B14,B3,B50,C29 |
Chr8:44415669 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | B134,B14,B3,B50,C29 |
Chr8:44415671 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B88,C67 |
Chr8:44415712 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B110,B124,C67 |
Chr8:44415742 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779922.1PF02519
Auxin_inducible 9-78 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779922.1 |
Pfam | PF02519 |
Auxin_inducible | Domain | 9 | 78 | 7.9e-24 | 84.4 | Auxin responsive protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。