Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003823

染色体: Chr08 坐标: 44415499-44415753 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003823
名称SmilChr08G003823
描述auxin-responsive protein SAUR21-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向44415499 - 44415753 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998525
GeneID130998525
locus_tag-
NCBI NameLOC130998525
原始查询SmilChr08G003823

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述auxin-responsive protein SAUR21-like
产物auxin-responsive protein SAUR21-like
ArabidopsisAT5G18030 (AT5G18030)
SAUR-like auxin-responsive protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831670]
identity=64.5; qcov=0.905; evalue=1.11e-35; confidence=medium
RiceOs02g0445600 (OsSAUR9)
-
identity=61; qcov=0.702; evalue=9.28e-22; confidence=medium
GOGO:0009733 (response to auxin)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02519 (Auxin_inducible)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998525

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057779922.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057779922.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057779922.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779922.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779922.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:44415537 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,C42,D8
Chr8:44415609 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 15 B121,B13,B15,B24,B25,B27,B57,B85,B94,C12,C34,C45,C46,C56,D7
Chr8:44415629 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B131,B78
Chr8:44415669 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 5 B134,B14,B3,B50,C29
Chr8:44415669 TC T 1bp_deletion CDS_variant 5 B134,B14,B3,B50,C29
Chr8:44415671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B88,C67
Chr8:44415712 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,B124,C67
Chr8:44415742 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779922.1
84 aa
N
1
42
84
Auxin_inducible
C
PF02519 Auxin_inducible 9-78 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779922.1 Pfam PF02519 Auxin_inducible Domain 9 78 7.9e-24 84.4 Auxin responsive protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923939.1
TCCACAAGCTTCATTCTTTCTAACAGAAACCAAACAGATGTGCCTAAAGGGCATATAGCAGTTTATGTAGGAGAAGTTCAGAGGAGAAGGTATGTGGTGCCTTTATCGTACCTCAACCACCCTTCATTTCAAGCGTTGCTGCGACGAGCTGAGGACGAGTTCGGCTTCAATCACCCCATGGGAGGCCTCACGATCCCCTGCAACGAGAACGCGTTCGTTGAAGTGACTTCAAAAATGCAGCTGTGGCATGCGTGA

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998525
TCCACAAGCTTCATTCTTTCTAACAGAAACCAAACAGATGTGCCTAAAGGGCATATAGCAGTTTATGTAGGAGAAGTTCAGAGGAGAAGGTATGTGGTGCCTTTATCGTACCTCAACCACCCTTCATTTCAAGCGTTGCTGCGACGAGCTGAGGACGAGTTCGGCTTCAATCACCCCATGGGAGGCCTCACGATCCCCTGCAACGAGAACGCGTTCGTTGAAGTGACTTCAAAAATGCAGCTGTGGCATGCGTGA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779922.1
STSFILSNRNQTDVPKGHIAVYVGEVQRRRYVVPLSYLNHPSFQALLRRAEDEFGFNHPMGGLTIPCNENAFVEVTSKMQLWHA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器