Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003824`

染色体: Chr08 坐标: 44417862-44418272 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003824`
名称	SmilChr08G003824
描述	uncharacterized SmilChr08G003824
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	44417862 - 44418272 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998526`
GeneID	`130998526`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998526`
原始查询	`SmilChr08G003824`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861]; symbol=AT2G13770; hit=AT2G13770; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861]; symbol=AT2G13770; hit=AT2G13770; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=58.2; qcov=0.721; evalue=2.02e-36; confidence=medium
Rice	`Os01g0872900` - identity=45.3; qcov=0.941; evalue=4.62e-34; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998526

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779923.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779923.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779923.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779923.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057779923.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:44417863`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	13	B139,B26,B28,B29,B61,B91,B93,C20,C34,C37,C77,C8,D5
`Chr8:44417912`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B131,C32,C35,C37,C77
`Chr8:44417918`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B3,C42
`Chr8:44417921`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B50,B61,C9,D1,D9
`Chr8:44417927`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B19,B22,B71,C35
`Chr8:44417939`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B114,B115,C42,C53
`Chr8:44417944`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B28,B93
`Chr8:44417944`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B28,B93
`Chr8:44417945`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	18	A22,B11,B110,B112,B133,B140,B28,B32,B59,B78,B93,B97,C31,C42,C62,C63,C80,C83
`Chr8:44417957`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,C27,C49,C55
`Chr8:44417959`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B67,C21,C37,C50,C53
`Chr8:44417959`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B67,C21,C37,C50,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779923.1

136 aa

136

Plant_tran

PF04827 Plant_tran 4-103 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779923.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	4	103	5.7e-40	137.8	Plant transposon protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923940.1
ATGGGGGTGCCGGTCACATATCAAGTCAACAACGCCTACTACACAAGTGGGTACTACTTGACTGACGGCATCTATCCCAATTGGCCTGTATTCGTGAAGAGTCCTACACATCCGACGGATCCGAAGGGGAAGAGGTTCAAAGTGATGCAGGAAGCAGCTCGCAAGGATATTGAACGAGCCTTCAGCGTCCTTCAAGCTCGTTGGGCAATCGTCAAAGGCCCATCTCGTCTTTGGAGCAAGGAGGCGATGAGCGACATCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998526
ATGGGGGTGCCGGTCACATATCAAGTCAACAACGCCTACTACACAAGTGGGTACTACTTGACTGACGGCATCTATCCCAATTGGCCTGTATTCGTGAAGAGTCCTACACATCCGACGGATCCGAAGGGGAAGAGGTTCAAAGTGATGCAGGAAGCAGCTCGCAAGGATATTGAACGAGCCTTCAGCGTCCTTCAAGCTCGTTGGGCAATCGTCAAAGGCCCATCTCGTCTTTGGAGCAAGGAGGCGATGAGCGACATCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779923.1
MGVPVTYQVNNAYYTSGYYLTDGIYPNWPVFVKSPTHPTDPKGKRFKVMQEAARKDIERAFSVLQARWAIVKGPSRLWSKEAMSDIMFTCIILHNMIIEEEGKHATQWEEDANEASSSAASQPRAGAPPNFCAFVA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器