Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003832`

染色体: Chr08 坐标: 44659884-44661569 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003832`
名称	SmilChr08G003832
描述	uncharacterized SmilChr08G003832
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	44659884 - 44661569 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996775`
GeneID	`130996775`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996775`
原始查询	`SmilChr08G003832`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	OsLIS-L1; symbol=OsLIS-L1; hit=Os08g0162100; species=rice; confidence=weak
产物	OsLIS-L1; symbol=OsLIS-L1; hit=Os08g0162100; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0162100` (OsLIS-L1) - identity=65.2; qcov=0.234; evalue=2.79e-12; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996775

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057778061.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057778061.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057778061.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778061.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778061.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:44659996`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C23,C58
`Chr8:44660214`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,B101,C32,D6
`Chr8:44660245`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B14,C17,C5,C76
`Chr8:44660266`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B28,C37,C46
`Chr8:44660269`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B121,C36
`Chr8:44660291`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	75	A20,A22,A4,A6,B10,B101,B102,B103,B105,B109,B11,B110,B112,B121,B123,B131,B132,B133,B14,B15,B21,B26,B30,B36,B39,B4,B44,B45,B49,B52,B57,B58,B59,B6,B61,B68,B75,B76,B77,B83,B85,B86,B89,B91,B93,C10,C11,C13,C19,C21,C35,C36,C38,C4,C41,C43,C5,C52,C53,C54,C58,C6,C61,C63,C68,C69,C7,C8,C80,C82,C83,C84,C85,C87,C9
`Chr8:44660309`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	116	A1,A10,A14,A16,A18,A19,A2,A21,A24,A4,A5,A6,A7,A9,B100,B107,B109,B110,B111,B112,B113,B117,B119,B122,B126,B127,B130,B131,B133,B135,B136,B137,B138,B139,B15,B17,B19,B24,B25,B28,B29,B32,B34,B35,B39,B50,B51,B53,B55,B57,B58,B60,B64,B66,B70,B72,B73,B74,B75,B76,B78,B79,B82,B83,B84,B86,B88,B89,B9,B91,B92,B94,B95,B99,C1,C10,C11,C12,C15,C16,C17,C18,C19,C23,C25,C29,C31,C33,C35,C38,C39,C40,C43,C44,C45,C47,C49,C5,C54,C55,C58,C64,C65,C68,C69,C7,C71,C72,C73,C76,C77,C78,C80,C84,C9,D5
`Chr8:44660432`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B91,C9,D2
`Chr8:44660455`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B34,C4,C5
`Chr8:44660650`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,B26,C81
`Chr8:44660664`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr8:44660694`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	10	A20,B112,B25,B31,B47,B8,C1,C20,C57,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922078.1
TGACTTGTTATGCATCGATACATCACTTAGACCAGGTACTGGGTGCAATTGCAGCATTTTGTTAACCCATGCATAAATCTATAAGCTTTATGTTCCTTATTTTTGTATTGCATGGCAAGTACTGCATTTGAGTGATTGCATATTTATGCGATTATTACTGTTCACGGCTGGTAATTTGTTGCATATGATCATTTGTCCTAGAGTATCTTTTCAGCTCTCTATCTTGTATTGTCTTTCCCCGTGCTTTAAAAGGATATAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996775
ATGTCGTTGAAAATTCATCGAGTAGATTGTAAATATGATGTGGTTGCTGATAATACAACAGCAACGAAAGAGGAGGTGTCTGTACTGCGAGGTGATATGACATCGATTAGTTTAGAAATCGAGGATGTTACTCGTACAATTCAGATGATGGATTCTAGGATTAACAGGATGGAAGTGAATCAGGACGAACAGAACACTGGAGTGTGCTACTTGCTAGGCGTGAACTATGCAAGGGAGCTTGAAAAGAGTAAAAGCATGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778061.1
MSLKIHRVDCKYDVVADNTTATKEEVSVLRGDMTSISLEIEDVTRTIQMMDSRINRMEVNQDEQNTGVCYLLGVNYARELEKSKSMEQIEPCQPVVSPPPSAIAGWMSTANQSMPHAAVAAAPHGLVQVNCEANILIVLICGKILQLLTSEEGTKLQLEIAVSASDIKEKYKDKCKRVSKEEQVLRLDLSNKFQDVF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器