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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003836

染色体: Chr08 坐标: 44723984-44725914 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003836
名称SmilChr08G003836
描述uncharacterized SmilChr08G003836
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向44723984 - 44725914 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996777
GeneID130996777
locus_tag-
NCBI NameLOC130996777
原始查询SmilChr08G003836

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述E3 ubiquitin-protein ligase RLIM-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831782]; symbol=SIS; hit=AT5G02020; species=arabidopsis; confidence=low
产物E3 ubiquitin-protein ligase RLIM-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831782]; symbol=SIS; hit=AT5G02020; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G02020 (SIS)
E3 ubiquitin-protein ligase RLIM-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831782]
identity=42.6; qcov=0.91; evalue=1.84e-15; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996777

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057778065.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057778065.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057778065.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057778063.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778065.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:44724844 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr8:44724870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B135,B67,B68,C60
Chr8:44725734 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 127 A1,A13,A14,A2,A21,A23,A4,A5,A8,B10,B100,B102,B103,B105,B106,B11,B112,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B126,B128,B13,B130,B132,B133,B138,B14,B15,B16,B17,B20,B23,B26,B27,B28,B29,B30,B34,B37,B4,B42,B43,B47,B49,B5,B50,B53,B55,B58,B6,B60,B63,B64,B69,B7,B73,B75,B76,B77,B78,B80,B81,B87,B88,B9,B90,B92,B93,B98,C11,C12,C13,C15,C16,C17,C19,C2,C22,C23,C24,C26,C27,C30,C31,C32,C37,C38,C4,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C50,C51,C55,C58,C61,C63,C65,C68,C69,C7,C74,C75,C77,C78,C80,C81,C83,C85,C86,C9,D1,D11,D3,D5,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922082.1
AGTATTGTATTCGTGGCAGTGAAAGTTTGGGAGTTGCAAAAAAATGGTCCCACACGGGGCACTGCCTCCGCCACGTGGCGTGATCCTGTTAGACTACAACGCCGACGTGAGTAACCGAAACTGAAAAACCTAAACGAAATTAATAAATTAATTAATTACTGAGTGAAGATGAGAGAACGTCGGCGAGGAAGCATTCATTATAAACAAGGAGTAGTAGATATCTGAGCGAGAGATCATTCACGTGCCTTGCTCTGTTTTTT...
XM_057922080.1
AGTATTGTATTCGTGGCAGTGAAAGTTTGGGAGTTGCAAAAAAATGGTCCCACACGGGGCACTGCCTCCGCCACGTGGCGTGATCCTGTTAGACTACAACGCCGACGTGAGTAACCGAAACTGAAAAACCTAAACGAAATTAATAAATTAATTAATTACTGAGTGAAGATGAGAGAACGTCGGCGAGGAAGCATTCATTATAAACAAGGAGTAGTAGATATCTGAGCGAGAGATCATTCACGTGCCTTGCTCTGTTTTTT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130996777
ATGGAAGGAGGAAAGCAATCAGGTTCTTCACTTGCCTCTGATCTTTTTGGGGCCAAGGATAAGGATTCTTCCGCCGCCTCTTCGTCTTCTGGGATTTTCGGTTCCTTGTTTCCGCCGCCTCCAAAGGTTGTGGGAGGGGAATGGCACTACTATTCTGAGACAGAGAAGAAGATTCCAAAGGCAGATAGAAATGGCGAAGACCAAAAGGCCAAGGAGGAGCAGCAGCAGCAGCCCTTTCACTACAGCTCCTCAATATACTA...
LOC130996777
ATGGAAGGAGGAAAGCAATCAGGTTCTTCACTTGCCTCTGATCTTTTTGGGGCCAAGGATAAGGATTCTTCCGCCGCCTCTTCGTCTTCTGGGATTTTCGGTTCCTTGTTTCCGCCGCCTCCAAAGGTTGTGGGAGGGGAATGGCACTACTATTCTGAGACAGAGAAGAAGATTCCAAAGGCAGATAGAAATGGCGAAGACCAAAAGGCCAAGGAGGAGCAGCAGCAGCAGCCCTTTCACTACAGCTCCTCAATATACTA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057778063.1
MEGGKQSGSSLASDLFGAKDKDSSAASSSSGIFGSLFPPPPKVVGGEWHYYSETEKKIPKADRNGEDQKAKEEQQQQPFHYSSSIYYGAQDVYSPPKTEAEAEAEAAQTTFNKDNGQDDSTTASRGNWWQGINIYIIYRQLILNFYNEERRCLATDYI
XP_057778064.1
MEGGKQSGSSLASDLFGAKDKDSSAASSSSGIFGSLFPPPPKVVGGEWHYYSETEKKIPKADRNGEDQKAKEEQQQQPFHYSSSIYYGAQDVYSPPKTEAEAEAEAAQTTFNKDNGQDDSTTASRGNWWQGINIYIIYRQLILNFYNEERRCLATDYI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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