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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003842

染色体: Chr08 坐标: 44754655-44757698 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003842
名称SmilChr08G003842
描述T-complex protein 1 subunit gamma-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向44754655 - 44757698 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996778
GeneID130996778
locus_tag-
NCBI NameLOC130996778
原始查询SmilChr08G003842

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述T-complex protein 1 subunit gamma-like
产物T-complex protein 1 subunit gamma-like
ArabidopsisAT5G26360 (AT5G26360)
TCP-1/cpn60 chaperonin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832705]
identity=69.8; qcov=0.541; evalue=9.28e-17; confidence=low
RiceOs06g0538000
-
identity=69.8; qcov=0.541; evalue=8.11e-18; confidence=low
GOGO:0005524 (ATP binding)
KEGG-
PfamPF00118 (Cpn60_TCP1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996778

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778067.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057778070.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057778067.1
4 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057778067.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778070.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:44754806 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,B38,B39
Chr8:44754809 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B136,B139,B38,B39,B5
Chr8:44754831 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B99,C22,D2
Chr8:44754832 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr8:44754843 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D10
Chr8:44754843 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:44754850 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C78
Chr8:44754852 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 19 A14,A16,A5,B129,B135,B48,B5,B79,B80,B88,C13,C26,C43,C44,C51,C56,C60,C9,D5
Chr8:44754876 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr8:44754889 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B91
Chr8:44754891 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr8:44754900 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 2 B105,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778067.1
118 aa
N
1
59
118
Cpn60_TCP1
C
PF00118 Cpn60_TCP1 4-47 aa
XP_057778068.1
118 aa
N
1
59
118
Cpn60_TCP1
C
PF00118 Cpn60_TCP1 4-47 aa
XP_057778070.1
98 aa
N
1
49
98
Cpn60_TCP1
C
PF00118 Cpn60_TCP1 4-48 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778067.1 Pfam PF00118 Cpn60_TCP1 Family 4 47 1e-11 45.0 TCP-1/cpn60 chaperonin family
XP_057778068.1 Pfam PF00118 Cpn60_TCP1 Family 4 47 1e-11 45.0 TCP-1/cpn60 chaperonin family
XP_057778070.1 Pfam PF00118 Cpn60_TCP1 Family 4 48 5.7e-12 45.8 TCP-1/cpn60 chaperonin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922084.1
TCGGACACCGACGGAATTACCGACGGAATTAATTCCGTCACAAAATAACGACCGAATAACGACGGATTAACGACGGAAATACTCTTTCATACATAGCGATGGATTTACCGACGGATTTACCGACGGAATATTTCCCGCGAAATTACCGACGGAATTACCGACGGATCCCCGATGAAAAATTACCGATGGAAAATTTTCCGTTGTTATTTCTTTTTTTAATTTCCGCGATTTTAAAAATTGCAGATAGCGATGGAAAATTC...
XM_057922087.1
TCGGACACCGACGGAATTACCGACGGAATTAATTCCGTCACAAAATAACGACCGAATAACGACGGATTAACGACGGAAATACTCTTTCATACATAGCGATGGATTTACCGACGGATTTACCGACGGAATATTTCCCGCGAAATTACCGACGGAATTACCGACGGATCCCCGATGAAAAATTACCGATGGAAAATTTTCCGTTGTTATTTCTTTTTTTAATTTCCGCGATTTTAAAAATTGCAGATAGCGATGGAAAATTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130996778
ATGTGTTATATTAATTATCATACTAGTGAAATTACTGACATGAAAGAACGTAAGATATGGGATTCATACACTGTGAAGGCTCAAGCATTCAAGACCGCCATTGAAGCTGCTTGCATGCTTTTAAGAATCGATGACATATTTCAGGGCCCTCTTGTCGATCCTCAACGATTTATGGACGTGGAGCAGCAATTGCAGGATGCATTAGTGGAGATAGCACGTCAAAAGGAGGAGATGAGGCAGAAAGATGAGCAGACCGATGC...
LOC130996778
ATGTGTTATATTAATTATCATACTAGTGAAATTACTGACATGAAAGAACGTAAGATATGGGATTCATACACTGTGAAGGCTCAAGCATTCAAGACCGCCATTGAAGCTGCTTGCATGCTTTTAAGAATCGATGACATATTTCAGGGCCCTCTTGTCGATCCTCAACGATTTATGGACGTGGAGCAGCAATTGCAGGATGCATTAGTGGAGATAGCACGTCAAAAGGAGGAGATGAGGCAGAAAGATGAGCAGACCGATGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057778067.1
MCYINYHTSEITDMKERKIWDSYTVKAQAFKTAIEAACMLLRIDDIFQGPLVDPQRFMDVEQQLQDALVEIARQKEEMRQKDEQTDARFQAQQRMFEEILARIPPGPTGPTPPTGPSS
XP_057778068.1
MCYINYHTSEITDMKERKIWDSYTVKAQAFKTAIEAACMLLRIDDIFQGPLVDPQRFMDVEQQLQDALVEIARQKEEMRQKDEQTDARFQAQQRMFEEILARIPPGPTGPTPPTGPSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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