Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003855`

染色体: Chr08 坐标: 45062881-45077546 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003855`
名称	SmilChr08G003855
描述	7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	45062881 - 45077546 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996770`
GeneID	`130996770`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996770`
原始查询	`SmilChr08G003855`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like
产物	7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like
Arabidopsis	`AT1G78270` (UGT85A4) UDP-glucosyl transferase 85A4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844162] identity=37.9; qcov=1.03; evalue=2.3e-107; confidence=medium
Rice	`Os07g0486700` - identity=41.1; qcov=1.01; evalue=9.01e-107; confidence=medium
GO	GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996770

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057778055.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057778055.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778055.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778055.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778055.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:45063053`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr8:45063315`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B24,D10
`Chr8:45063329`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	A9
`Chr8:45063329`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	A9
`Chr8:45063351`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B86,B9,C40
`Chr8:45063360`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B66,B8
`Chr8:45063370`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B51,B72,C10,C83
`Chr8:45063381`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A15,C16,C39,C67
`Chr8:45063413`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B86,B9,C40
`Chr8:45063634`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr8:45063647`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr8:45076962`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778055.1

467 aa

234

467

Glyco_transf_N

UDPGT

PF26168 Glyco_transf_N 8-46 aa PF00201 UDPGT 108-392 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778055.1`	Pfam	`PF26168`	Glyco_transf_N	Domain	8	46	1.7e-08	35.4	Glycosyltransferase, N-terminal domain
`XP_057778055.1`	Pfam	`PF00201`	UDPGT	Family	108	392	1.7e-22	80.6	UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922072.1
CCACCTCTAAAAAATATCGTGCACAAAATAATATCTTTCACAATTATATATGGACGGTAATTGACATATATTCAAAATCTCCTCTACATTTTTCTACAATAAAAAGGGGAATAGTCATCTGGATGGATAATCGTGATCCACATGTGGTGATCTTACCGTTCCCGGCTCAAGGCCACATCAAGCCGATGCTGATGTTAGCCGAGCTCCTGAGCCAGGCCGGCCTCGCCATATCCTTCGTCAACACTGAGCATAGCCACCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996770
ATGGATAATCGTGATCCACATGTGGTGATCTTACCGTTCCCGGCTCAAGGCCACATCAAGCCGATGCTGATGTTAGCCGAGCTCCTGAGCCAGGCCGGCCTCGCCATATCCTTCGTCAACACTGAGCATAGCCACCGCCGCCTCCTCGACGGAGCCGCCTTCCGCCGCCGCTGCCCGGGGATCAATTTTCTTACCATTCCCGACGGACTGCCGCCGGACCACCCGCGAAGCGGTCCTGGTATTGTGGATCTATTGCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778055.1
MDNRDPHVVILPFPAQGHIKPMLMLAELLSQAGLAISFVNTEHSHRRLLDGAAFRRRCPGINFLTIPDGLPPDHPRSGPGIVDLLLSTSTACEPNFKDLIASMSHAPACIISDGIMSFAVDVAAELGIPAIAFRTYSATATWTYFHLEKLMEEIPVVANAESEELERRVRCVPGLEDILRQRDFPQLCSLGPRSPIMQFYITQAAKMRNASALILNTFHHLEAPMLSRLRSIFPAVYAVGPLRSPASSTSTSLLQMDQSC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器