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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003859

染色体: Chr08 坐标: 45306861-45311589 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003859
名称SmilChr08G003859
描述uncharacterized SmilChr08G003859
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向45306861 - 45311589 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996765
GeneID130996765
locus_tag-
NCBI NameLOC130996765
原始查询SmilChr08G003859

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hepatocyte growth factor activator, putative (DUF3527) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836019]; symbol=AT5G59020; hit=AT5G59020; species=arabidopsis; confidence=low
产物hepatocyte growth factor activator, putative (DUF3527) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836019]; symbol=AT5G59020; hit=AT5G59020; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G59020 (AT5G59020)
hepatocyte growth factor activator, putative (DUF3527) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836019]
identity=26.7; qcov=0.984; evalue=1.66e-59; confidence=low
RiceOs03g0267600
-
identity=30.1; qcov=0.552; evalue=8.19e-48; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF12043 (DUF3527)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996765

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057778041.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057778041.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057778041.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778041.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778041.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:45308599 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr8:45308605 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B74,C11,C69
Chr8:45309451 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr8:45310133 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B56,B96,D4
Chr8:45310204 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B41,B71,B89,C70
Chr8:45310542 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,C16,C39,C67
Chr8:45310576 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B103,B109,B137
Chr8:45310810 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,C73
Chr8:45310901 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B41,B71,B89,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778041.1
928 aa
N
1
464
928
DUF3527
DUF3527
C
PF12043 DUF3527 586-696 aa PF12043 DUF3527 707-875 aa
XP_057778043.1
928 aa
N
1
464
928
DUF3527
DUF3527
C
PF12043 DUF3527 586-696 aa PF12043 DUF3527 707-875 aa
XP_057778044.1
928 aa
N
1
464
928
DUF3527
DUF3527
C
PF12043 DUF3527 586-696 aa PF12043 DUF3527 707-875 aa
XP_057778045.1
928 aa
N
1
464
928
DUF3527
DUF3527
C
PF12043 DUF3527 586-696 aa PF12043 DUF3527 707-875 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778041.1 Pfam PF12043 DUF3527 Family 586 696 2.8e-51 175.8 Domain of unknown function (DUF3527)
XP_057778041.1 Pfam PF12043 DUF3527 Family 707 875 2.8e-51 175.8 Domain of unknown function (DUF3527)
XP_057778043.1 Pfam PF12043 DUF3527 Family 586 696 2.8e-51 175.8 Domain of unknown function (DUF3527)
XP_057778043.1 Pfam PF12043 DUF3527 Family 707 875 2.8e-51 175.8 Domain of unknown function (DUF3527)
XP_057778044.1 Pfam PF12043 DUF3527 Family 586 696 2.8e-51 175.8 Domain of unknown function (DUF3527)
XP_057778044.1 Pfam PF12043 DUF3527 Family 707 875 2.8e-51 175.8 Domain of unknown function (DUF3527)
XP_057778045.1 Pfam PF12043 DUF3527 Family 586 696 2.8e-51 175.8 Domain of unknown function (DUF3527)
XP_057778045.1 Pfam PF12043 DUF3527 Family 707 875 2.8e-51 175.8 Domain of unknown function (DUF3527)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922061.1
CGACTGACACCTCAATTAGTAACCGTCGATTGTTTTAGTGGCGAAACGCTCTTTTGCGAAAACTCTCTCTCTCTCTATCCCTCTCATCATTAGCACTCTCACTCGATCCAGTGACACACATTTTTCTTCGCGGGATTTTCTCTCTCTCTCTATACGTATAGCTTTTCCTCAGTTGTATCTATATATTTCTATCTGCAGAGGAGCTCCTTTCTCTCTCTTCGTCGGCATCGAGGACTACGCTTACGCTTCCTTCAATTCTA...
XM_057922058.1
TCCCTCTCATCATTAGCACTCTCACTCGATCCAGTGACACACATTTTTCTTCGCGGGATTTTCTCTCTCTCTCTATACGTATAGCTTTTCCTCAGTTGTATCTATATATTTCTATCTGCAGAGGAGCTCCTTTCTCTCTCTTCGTCGGCATCGAGGACTACGCTTACGCTTCCTTCAATTCTAAGAAGATTTCTTGCTTTTTCTCTGAGTAACTCCTATTCTCTGCAATTCCTTACTTTGCTTTCAGTGTTCAAATTACT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130996765
ATGGCACATGTTTTAGGACAGGAGAGGAGCTCAGGACCACGACAAAATGTGCATGCTGTTAGAGAGAAAACTCCATTGCCCTGGATAGAAAAGGCTATGCTGCTTCCGGGGAAGCACAGGGTTCGACATTCTTTTAGCCAGCCATACCATGATCGGGGATTTGATTTTACTGAGAATGTGAGTGCTGAGAAAGTCCAGTCTAGATCTTCAGGAAATGAGCGAAAGCCTCGGGTTGAAGGCAGGGCATGCGATGATAACGA...
LOC130996765
ATGGCACATGTTTTAGGACAGGAGAGGAGCTCAGGACCACGACAAAATGTGCATGCTGTTAGAGAGAAAACTCCATTGCCCTGGATAGAAAAGGCTATGCTGCTTCCGGGGAAGCACAGGGTTCGACATTCTTTTAGCCAGCCATACCATGATCGGGGATTTGATTTTACTGAGAATGTGAGTGCTGAGAAAGTCCAGTCTAGATCTTCAGGAAATGAGCGAAAGCCTCGGGTTGAAGGCAGGGCATGCGATGATAACGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057778041.1
MAHVLGQERSSGPRQNVHAVREKTPLPWIEKAMLLPGKHRVRHSFSQPYHDRGFDFTENVSAEKVQSRSSGNERKPRVEGRACDDNELVKHMSNLPGFLQHVEKDNTVQDKALNFGVLDWTRLEKWKYTERMPGKLPRKASPTRDSFVSASGLPKISLNLKNPSSRTRYPSLSHSGKQPVADGPHFSSPQQQQPPQSLYVKSSKEERNGKFKKEEEINGKYQKEEEYVEYLKPKGKETCNQKYHMAESIRIARQQNHFQQ...
XP_057778043.1
MAHVLGQERSSGPRQNVHAVREKTPLPWIEKAMLLPGKHRVRHSFSQPYHDRGFDFTENVSAEKVQSRSSGNERKPRVEGRACDDNELVKHMSNLPGFLQHVEKDNTVQDKALNFGVLDWTRLEKWKYTERMPGKLPRKASPTRDSFVSASGLPKISLNLKNPSSRTRYPSLSHSGKQPVADGPHFSSPQQQQPPQSLYVKSSKEERNGKFKKEEEINGKYQKEEEYVEYLKPKGKETCNQKYHMAESIRIARQQNHFQQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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