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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003873

染色体: Chr08 坐标: 45850184-45850567 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003873
名称SmilChr08G003873
描述uncharacterized SmilChr08G003873
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向45850184 - 45850567 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998543
GeneID130998543
locus_tag-
NCBI NameLOC130998543
原始查询SmilChr08G003873

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998543

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779940.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057779940.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779940.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779940.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779940.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:45850189 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,A8,B4,C38
Chr8:45850203 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr8:45850225 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B42,B51,D4
Chr8:45850240 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B51,C60
Chr8:45850244 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,C31,C38,C65
Chr8:45850252 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B29,B65,B67,C30
Chr8:45850264 G GCA 2bp_insertion frameshift_variant 20 A21,A24,A8,B101,B133,B134,B16,B37,B42,B43,B44,B69,B94,C51,C58,C65,C75,C79,C80,D9
Chr8:45850273 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr8:45850277 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B4,B85,C52
Chr8:45850295 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr8:45850305 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 80 A13,A14,A16,A21,A3,B1,B101,B107,B11,B113,B118,B124,B126,B128,B131,B134,B135,B137,B139,B17,B19,B21,B29,B3,B40,B42,B46,B49,B50,B54,B59,B6,B61,B63,B67,B68,B7,B70,B72,B75,B76,B77,B8,B83,B98,C11,C12,C16,C21,C23,C28,C30,C31,C32,C39,C43,C45,C47,C49,C5,C50,C51,C52,C56,C57,C6,C63,C65,C71,C72,C74,C77,C78,C79,C84,D1,D10,D3,D5,D7
Chr8:45850323 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B52,B64,C19,C46,C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923957.1
ATGACCCTAGCTGGGGAAGCGAGGAAGTTGCAGCTAAGTGAGTTGGAAGAGCTTCGGTTGGAGGCTTACGACAATGCGGTGCTCTATAAGGAGCGGACTAGGAGGATCCATGATGCCAAGATCAGAAAAAAGGAATTTTGGGTGGGGCAAAAAGTCCTACTTTTCAATTCGCGCTTCAAGATGATGGCTGGGAAACTTCGTTCAAAATGGTCGGGACCGTTCGTGATCAAAGAGATTTTTTCAAATGGGAGCATAGAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998543
ATGACCCTAGCTGGGGAAGCGAGGAAGTTGCAGCTAAGTGAGTTGGAAGAGCTTCGGTTGGAGGCTTACGACAATGCGGTGCTCTATAAGGAGCGGACTAGGAGGATCCATGATGCCAAGATCAGAAAAAAGGAATTTTGGGTGGGGCAAAAAGTCCTACTTTTCAATTCGCGCTTCAAGATGATGGCTGGGAAACTTCGTTCAAAATGGTCGGGACCGTTCGTGATCAAAGAGATTTTTTCAAATGGGAGCATAGAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779940.1
MTLAGEARKLQLSELEELRLEAYDNAVLYKERTRRIHDAKIRKKEFWVGQKVLLFNSRFKMMAGKLRSKWSGPFVIKEIFSNGSIEVYDHNGVDTFVVNGHRLKPNHELAEVEKEKEECHLLDPVYE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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