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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003875

染色体: Chr08 坐标: 45910591-45911382 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003875
名称SmilChr08G003875
描述uncharacterized SmilChr08G003875
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向45910591 - 45911382 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998545
GeneID130998545
locus_tag-
NCBI NameLOC130998545
原始查询SmilChr08G003875

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998545

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779942.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057779942.1
3 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057779942.1
4 Nuclear body 核内小体 0.40000 XP_057779942.1
5 Chromatin 染色质 0.20000 XP_057779942.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:45910602 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C67,C81
Chr8:45910607 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C67,C81
Chr8:45910622 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:45910630 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 8 A15,B108,B56,B96,C16,C33,C39,D4
Chr8:45910634 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr8:45910635 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B134,B28,B75,C87
Chr8:45910638 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr8:45910649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,B9
Chr8:45910650 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B88,C53,C83
Chr8:45910660 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,B85
Chr8:45910690 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B88,C83
Chr8:45910696 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B17,B2,B49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923959.1
ATGGCCAAAACCAAAGGAGGAGCAGGCTCCGGAAGCAACCAACCGCCGAAGAAGAAAGGCGCCAAACTCCCACCTCCAAAGCGTACCACAAGGCGGACCGCTTCGGAGGAGACCTCCACTAAAATCACCGAAGACCCTTTGCTAGAGATCCAGCCCGAGGACAAAGGGCATGCCGAAGTCCTCCAACAAGAGGAACGAGAAGTAGCAAGAGCAGCCGCCGAGTCGACGCAACCGGAAGAGGGGGAGCCCGAGCTCACCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998545
ATGGCCAAAACCAAAGGAGGAGCAGGCTCCGGAAGCAACCAACCGCCGAAGAAGAAAGGCGCCAAACTCCCACCTCCAAAGCGTACCACAAGGCGGACCGCTTCGGAGGAGACCTCCACTAAAATCACCGAAGACCCTTTGCTAGAGATCCAGCCCGAGGACAAAGGGCATGCCGAAGTCCTCCAACAAGAGGAACGAGAAGTAGCAAGAGCAGCCGCCGAGTCGACGCAACCGGAAGAGGGGGAGCCCGAGCTCACCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779942.1
MAKTKGGAGSGSNQPPKKKGAKLPPPKRTTRRTASEETSTKITEDPLLEIQPEDKGHAEVLQQEEREVARAAAESTQPEEGEPELTPPVKKSKKAQASKATPARPTVAPPPIQAQPQPQFPETSMQEGKTASEEMEAEEEKGEEEKVDEEEDDEAEEGEGVQEREVEIPTPQSKRPGVKRKLDVAKPPLPVKAKPAPAGSKTRTKAEQSKKPRKPTAAEKGKAKEMEEPMEVDPERTETVESSNSEDVVAPTKPGDEHNH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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