Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003893`

染色体: Chr08 坐标: 46268330-46269415 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003893`
名称	SmilChr08G003893
描述	cytochrome b6-f complex subunit 4
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	46268330 - 46269415 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996822`
GeneID	`130996822`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996822`
原始查询	`SmilChr08G003893`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cytochrome b6-f complex subunit 4
产物	cytochrome b6-f complex subunit 4
Arabidopsis	`ATCG00730` (petD) cytochrome b6/f complex subunit IV [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844728] identity=98.7; qcov=0.908; evalue=4.25e-110; confidence=high
Rice	`gene-cob` (cob) - identity=31.7; qcov=0.598; evalue=8.29e-10; confidence=low
GO	GO:0005750 (GO:0005750); GO:0006122 (mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c); GO:0009767 (photosynthetic electron transport chain); GO:0042651 (thylakoid membrane); GO:0045156 (GO:0045156)
KEGG	smil00195 (Photosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00032 (Cytochrom_B_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996822

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	0.80000	`XP_057778083.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.80000	`XP_057778083.1`
3	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.80000	`XP_057778083.1`
4	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057778083.1`
5	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.20000	`XP_057778083.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778083.1

174 aa

174

Cytochrom_B_C

PF00032 Cytochrom_B_C 79-168 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778083.1`	Pfam	`PF00032`	Cytochrom_B_C	Domain	79	168	1.6e-19	70.8	Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922100.1
TGATCATATCCAAATCCTGTTGTACATGAGTAGGCTCCGTAAGATCTAGTATAATGAATTTACCACTTCAATACTTACTTAAAATTGAATAGTATGGAAATGCATTCATTTCCTTTGCATTGATATGATTGATAATACTATCGGGGTGAAACAAGAGATCTAAAGAAAAATAAAATTTAGGCTAGACTAAATTAGTAACAAGTAAACCTTTTTTGTGTGTATCTCCCACTATTCTATTTTGGAGATAACATAGTAATCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996822
ATGTCCGGTTCCGCGGGGGGATGGATCTATAAGAATTCACCTATCCCAATAACAAAAAAACCTGATTTGAATGATCCTGTATTAAGAGCTAAATTGGCTAAAGGCATGGGTCATAATTATTACGGAGAACCCGCATGGCCAAATGATCTTTTATATATTTTTCCAGTAGTAATTCTAGGGACTATTGCATGTAACGTAGGCTTAGCGGTTCTAGAACCATCAATGATTGGTGAACCGGCAGATCCGTTTGCAACCCCTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778083.1
MSGSAGGWIYKNSPIPITKKPDLNDPVLRAKLAKGMGHNYYGEPAWPNDLLYIFPVVILGTIACNVGLAVLEPSMIGEPADPFATPLEILPEWYFFPVFQILRTVPNKLLGVLLMVSVPAGLLTVPFLENVNKFQNPFRRPVATTVFLIGTAVALWLGIGATLPIDKSLTLGLF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器