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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003894

染色体: Chr08 坐标: 46269556-46270452 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003894
名称SmilChr08G003894
描述cytochrome b6
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向46269556 - 46270452 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998550
GeneID130998550
locus_tag-
NCBI NameLOC130998550
原始查询SmilChr08G003894

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome b6
产物cytochrome b6
ArabidopsisATCG00720 (petB)
cytochrome b6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844729]
identity=97.7; qcov=0.931; evalue=2.45e-154; confidence=high
Ricegene-cob (cob)
-
identity=34.4; qcov=0.818; evalue=8.99e-34; confidence=low
GOGO:0009055 (electron transfer activity); GO:0016020 (membrane); GO:0022904 (respiratory electron transport chain)
KEGGsmil00195 (Photosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00033 (Cytochrome_B); PF13631 (Cytochrom_B_N_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998550

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.80000 XP_057779948.1
2 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.80000 XP_057779948.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057779948.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057779948.1
5 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.40000 XP_057779948.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779948.1
231 aa
N
1
116
231
Cytochrome_B
Cytochrom_B_N_2
C
PF00033 Cytochrome_B 38-226 aa PF13631 Cytochrom_B_N_2 108-227 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779948.1 Pfam PF00033 Cytochrome_B Domain 38 226 2.4e-84 282.6 Cytochrome b/b6/petB
XP_057779948.1 Pfam PF13631 Cytochrom_B_N_2 Domain 108 227 4.6e-37 128.3 Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923965.1
CGAGATGAAAGTTTCATATACGGTTCTAAGGGGGGGATTTTCACCTATCTCAATAAAGTCTATGATTGGTTCGAAGAACGTCTTGAGATTCAGGCGATTGCGGATGATATAACTAGTAAATATGTTCCTCCCCATGTCAATATATTTTATTGTTTAGGGGGAATTACTCTTACTTGTTTTTTAGTACAAGTAGCTACGGGGTTTGCTATGACTTTTTACTATCGTCCGACCGTTACTGAAGCTTTTGCCTCTGTTCAATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998550
CGAGATGAAAGTTTCATATACGGTTCTAAGGGGGGGATTTTCACCTATCTCAATAAAGTCTATGATTGGTTCGAAGAACGTCTTGAGATTCAGGCGATTGCGGATGATATAACTAGTAAATATGTTCCTCCCCATGTCAATATATTTTATTGTTTAGGGGGAATTACTCTTACTTGTTTTTTAGTACAAGTAGCTACGGGGTTTGCTATGACTTTTTACTATCGTCCGACCGTTACTGAAGCTTTTGCCTCTGTTCAATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779948.1
RDESFIYGSKGGIFTYLNKVYDWFEERLEIQAIADDITSKYVPPHVNIFYCLGGITLTCFLVQVATGFAMTFYYRPTVTEAFASVQYIMTEANFGWLIRSVHRWSASMMVLMMILHVFRVYLTGGFKKPRELTWVTGVVLGVLTASFGVTGYSLPRDQIGYWAVKIVTGVPEAIPVIGSPLVELLRGSASVGQSTLTRFYSLHTFVLPLLTAVFMLMHFPMIRKQGISGPL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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