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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003895`

染色体: Chr08 坐标: 46270602-46286157 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003895`
名称	SmilChr08G003895
描述	photosystem II CP47 reaction center protein
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	46270602 - 46286157 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996819`
GeneID	`130996819`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996819`
原始查询	`SmilChr08G003895`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	photosystem II CP47 reaction center protein
产物	photosystem II CP47 reaction center protein
Arabidopsis	`ATCG00680` (psbB) photosystem II 47 kDa protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844733] identity=97.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`gene-psbB` (psbB) photosystem II 47 kDa protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3131410] identity=95.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0009523 (photosystem II); GO:0009772 (photosynthetic electron transport in photosystem II); GO:0015979 (photosynthesis); GO:0016020 (membrane); GO:0016168 (chlorophyll binding); GO:0019684 (photosynthesis, light reaction); GO:0045156 (GO:0045156)
KEGG	smil00195 (Photosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00421 (PSII)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996819

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057778081.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057778081.1`
3	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	1.00000	`XP_057778081.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057778081.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778081.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:46272675`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr8:46272834`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B71,C70
`Chr8:46272834`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B71,C70
`Chr8:46272839`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B107,B133,B4,C48
`Chr8:46272895`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,B83,C49
`Chr8:46272904`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B20,C24,C26
`Chr8:46272931`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:46272981`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr8:46272982`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:46273006`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr8:46273027`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr8:46273030`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	36	A7,B113,B117,B118,B120,B121,B13,B131,B134,B135,B15,B27,B68,B69,B75,B87,B90,B92,B98,C12,C15,C22,C38,C41,C42,C45,C51,C60,C63,C65,C69,C78,C83,C85,C9,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778081.1

484 aa

242

484

PSII

PF00421 PSII 1-476 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778081.1`	Pfam	`PF00421`	PSII	Family	1	476	2.2e-258	858.7	Photosystem II protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057922098.1
TGTATTGAATGATTCCGGCCGGTTGCTTTCCGTTCATATAATGCATACAACTCTGGTTGCTGGTTGGGCGGGCTCGATGGCTTTGTATGAATTAGCAGTTTTTGATCCTTCTGACCCTATTCTTGATCCGATGTGGAGACAGGGTATGTTCGTTATACCCTTCATGACTCGTTTAGGAATAACCAATTCGTGGGGGGGTTGGAGTATCATAGGCGGAACTGTAACGAATCCGGGGATTTGGAGTTACGAAGGTGTAGCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996819
ATGCATACAACTCTGGTTGCTGGTTGGGCGGGCTCGATGGCTTTGTATGAATTAGCAGTTTTTGATCCTTCTGACCCTATTCTTGATCCGATGTGGAGACAGGGTATGTTCGTTATACCCTTCATGACTCGTTTAGGAATAACCAATTCGTGGGGGGGTTGGAGTATCATAGGCGGAACTGTAACGAATCCGGGGATTTGGAGTTACGAAGGTGTAGCTGGGGCACATATTGTGTTTTCTGGCTTATGCTTTTTGGCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778081.1
MHTTLVAGWAGSMALYELAVFDPSDPILDPMWRQGMFVIPFMTRLGITNSWGGWSIIGGTVTNPGIWSYEGVAGAHIVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFSDERTGKPSLDLPKIFGIHLFLSGVACFGFGAFHVTGLYGPGIWVSDPYGLTGRVQPVNPSWGVEGFDPFVPGGIASHHIAAGTLGILAGLFHLSVRPPQRLYKGLRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDQGYFQQEI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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