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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003914

染色体: Chr08 坐标: 46560594-46563841 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003914
名称SmilChr08G003914
描述uncharacterized SmilChr08G003914
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向46560594 - 46563841 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996834
GeneID130996834
locus_tag-
NCBI NameLOC130996834
原始查询SmilChr08G003914

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述chaperone protein dnaJ-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818378]; symbol=AT2G38000; hit=AT2G38000; species=arabidopsis; confidence=high
产物chaperone protein dnaJ-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818378]; symbol=AT2G38000; hit=AT2G38000; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G38000 (AT2G38000)
chaperone protein dnaJ-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818378]
identity=64.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0316200
-
identity=63; qcov=0.894; evalue=1.14e-176; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996834

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057778087.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057778087.1
3 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057778087.1
4 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057778087.1
5 Endosome 内体 0.20000 XP_057778087.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:46560899 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr8:46560978 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr8:46561586 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:46561952 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:46562117 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr8:46562313 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C12
Chr8:46562313 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C12
Chr8:46562807 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:46562819 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D11
Chr8:46562819 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:46563513 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,B22,C79,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922105.1
TAAAATTAAAATTTACCTTAAACTCAAAGTATGACGATGAATGTTACCAAGCAGCCAAAAACTGCCAAGCGCTGACCAGGCCGCGTAAAAACTCTGGCTTCTATACCTTCTTGATTAAGCTAAAACCTTCAAATTGTTAATGCGCTCAATCCCCTTCATCATCAATTGAATTTCTCAAATCACCAAAAATGGAGCAGCCGTTGCTATCAGCTGAGAAAAGAGAGAGCGACAGATGGAGCTCTTACGAGCATGTGGGCAGA...
XM_057922104.1
GATGAATGTTACCAAGCAGCCAAAAACTGCCAAGCGCTGACCAGGCCGCGTAAAAACTCTGGCTTCTATACCTTCTTGATTAAGCTAAAACCTTCAAATTGTTAATGCGCTCAATCCCCTTCATCATCAATTGAATTTCTCAAATCACCAAAAATGGAGCAGCCGTTGCTATCAGCTGCAGAGAAAAGAGAGAGCGACAGATGGAGCTCTTACGAGCATGTGGGCAGAGCGGGCTCCGCCATCCCGACGGCGTCCCTCCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130996834
ATGGAGCAGCCGTTGCTATCAGCTGAGAAAAGAGAGAGCGACAGATGGAGCTCTTACGAGCATGTGGGCAGAGCGGGCTCCGCCATCCCGACGGCGTCCCTCCCCGGAAGCGTAGTCAGCGTCGACGAAATTCGATCGGCGGCGGCTTCTTCCGACATCTACCCGCCATCTCTTCATGCGCCTCTGCTTAGTTCTCCACAACCTCACTATCCAAGTAAACAAGTGGTTGGTCAGCCCCATGACGCTTATCATGGTCATTT...
LOC130996834
ATGGAGCAGCCGTTGCTATCAGCTGCAGAGAAAAGAGAGAGCGACAGATGGAGCTCTTACGAGCATGTGGGCAGAGCGGGCTCCGCCATCCCGACGGCGTCCCTCCCCGGAAGCGTAGTCAGCGTCGACGAAATTCGATCGGCGGCGGCTTCTTCCGACATCTACCCGCCATCTCTTCATGCGCCTCTGCTTAGTTCTCCACAACCTCACTATCCAAGTAAACAAGTGGTTGGTCAGCCCCATGACGCTTATCATGGTCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057778087.1
MEQPLLSAAEKRESDRWSSYEHVGRAGSAIPTASLPGSVVSVDEIRSAAASSDIYPPSLHAPLLSSPQPHYPSKQVVGQPHDAYHGHLRENAIDGQRQVLDEVEIRELLLDHVGHRCCWGSRPARTWTIRAVEDCNVYVGTLETFAEDREIITEKEPYIGGDAHGKDKGPELGIWELDLRSEFPPLFIPEKESRVVIPRSEAVEKCSGCGGRGDVVCLTCNADKEPGFYKENQMFQCSTCHGRGLLAHMDGSDSICKNCN...
XP_057778088.1
MEQPLLSAEKRESDRWSSYEHVGRAGSAIPTASLPGSVVSVDEIRSAAASSDIYPPSLHAPLLSSPQPHYPSKQVVGQPHDAYHGHLRENAIDGQRQVLDEVEIRELLLDHVGHRCCWGSRPARTWTIRAVEDCNVYVGTLETFAEDREIITEKEPYIGGDAHGKDKGPELGIWELDLRSEFPPLFIPEKESRVVIPRSEAVEKCSGCGGRGDVVCLTCNADKEPGFYKENQMFQCSTCHGRGLLAHMDGSDSICKNCNG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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