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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003937

染色体: Chr08 坐标: 47111718-47113597 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003937
名称SmilChr08G003937
描述uncharacterized SmilChr08G003937
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向47111718 - 47113597 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996854
GeneID130996854
locus_tag-
NCBI NameLOC130996854
原始查询SmilChr08G003937

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996854

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057778102.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057778102.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778102.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778102.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057778102.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:47112156 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr8:47112173 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr8:47112220 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,B44
Chr8:47112386 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr8:47112443 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B104,B41,B88,C20
Chr8:47112453 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr8:47112478 T TTG 2bp_insertion frameshift_variant 10 A25,B123,B14,B75,B81,B99,C15,C26,C37,C74
Chr8:47112482 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 33 A10,A15,A19,A24,A25,A3,A5,B103,B107,B121,B132,B139,B14,B27,B58,B65,B66,B70,B80,B84,B93,C18,C2,C21,C3,C34,C39,C40,C58,C60,C75,C83,D10
Chr8:47113150 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B127,C13,C52
Chr8:47113150 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,C13,C52
Chr8:47113151 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 31 A16,A18,A20,A5,B115,B127,B133,B18,B4,B49,B51,B58,B59,B62,B70,B79,B91,B92,B99,C22,C24,C27,C32,C41,C42,C62,C69,C76,C86,D2,D3
Chr8:47113165 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 98 A11,A19,A23,A25,A6,B102,B104,B105,B108,B111,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B126,B127,B128,B13,B137,B14,B140,B15,B20,B21,B23,B27,B28,B30,B33,B34,B37,B38,B4,B41,B44,B45,B5,B53,B54,B57,B63,B66,B67,B68,B71,B73,B74,B75,B8,B81,B83,B85,B86,B89,B95,B99,C1,C14,C15,C16,C18,C19,C2,C20,C23,C26,C33,C34,C35,C37,C4,C41,C45,C46,C47,C5,C50,C53,C61,C62,C64,C68,C7,C74,C75,C76,C8,C80,C82,C84,D1,D11,D2,D5,D6,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922122.1
CATCTGTCAGACCAACTGTGGAGATGTTAGTCTGAATGTGCTTGCATTTATTAGAGAAGGTGGCTAGCCTGATTTTCACATTCAGTGTGCGCATTACTTTCCATCATCATCGTCATCACTCTCGATTCGTCAATTTACAGAGGGCTCTTATTCAGAAGGCTTTACACAAATGTGAGAAGATTTTAGCCGAGTTGAAGCTGGAGCTGTGCGGCACTAGCACTGCTGCCTGTGATCAGTACTCTGAAGTGGAGTTGCGGTCT...
XM_057922123.1
CATCTGTCAGACCAACTGTGGAGATGTTAGTCTGAATGTGCTTGCATTTATTAGAGAAGGTGGCTAGCCTGATTTTCACATTCAGTGTGCGCATTACTTTCCATCATCATCGTCATCACTCTCGATTCGTCAATTTACAGAGGGCTCTTATTCAGATTTTAGCCGAGTTGAAGCTGGAGCTGTGCGGCACTAGCACTGCTGCCTGTGATCAGTACTCTGAAGTGGAGTTGCGGTCTGCTGCTGCTGCTCGAATTGTCACT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130996854
ATGTGCTTGCATTTATTAGAGAAGGTGGCTAGCCTGATTTTCACATTCAGTGTGCGCATTACTTTCCATCATCATCGTCATCACTCTCGATTCGTCAATTTACAGAGGGCTCTTATTCAGATTTTAGCCGAGTTGAAGCTGGAGCTGTGCGGCACTAGCACTGCTGCCTGTGATCAGTACTCTGAAGTGGAGTTGCGGTCTGCTGCTGCTGCTCGAATTGTCACTCAGGATGACGTGAACGAATATGCGGCACTGGGGAG...
LOC130996854
ATGTGCTTGCATTTATTAGAGAAGGTGGCTAGCCTGATTTTCACATTCAGTGTGCGCATTACTTTCCATCATCATCGTCATCACTCTCGATTCGTCAATTTACAGAGGGCTCTTATTCAGGCTTTACACAAATGTGAGAAGATTTTAGCCGAGTTGAAGCTGGAGCTGTGCGGCACTAGCACTGCTGCCTGTGATCAGTACTCTGAAGTGGAGTTGCGGTCTGCTGCTGCTGCTCGAATTGTCACTCAGGATGACGTGAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057778102.1
MCLHLLEKVASLIFTFSVRITFHHHRHHSRFVNLQRALIQKALHKCEKILAELKLELCGTSTAACDQYSEVELRSAAAARIVTQDDVNEYAALGRIFILH
XP_057778104.1
MCLHLLEKVASLIFTFSVRITFHHHRHHSRFVNLQRALIQALHKCEKILAELKLELCGTSTAACDQYSEVELRSAAAARIVTQDDVNEYAALGRIFILH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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