Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003942`

染色体: Chr08 坐标: 47168078-47171967 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003942`
名称	SmilChr08G003942
描述	uncharacterized SmilChr08G003942
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	47168078 - 47171967 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998562`
GeneID	`130998562`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998562`
原始查询	`SmilChr08G003942`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998562

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779960.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057779960.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779960.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779960.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779960.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:47168312`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C17,C19
`Chr8:47170619`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,B20
`Chr8:47170776`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B106,B2,B8,C58
`Chr8:47170859`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C63
`Chr8:47170906`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B69,B96,C16
`Chr8:47170906`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B69,B96,C16
`Chr8:47170910`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	28	A11,A20,A22,A8,B104,B125,B135,B140,B2,B20,B42,B43,B48,B5,B54,B77,B87,B98,C20,C3,C30,C61,C63,C74,C80,C82,D11,D9
`Chr8:47170915`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B118,B32,C57
`Chr8:47170915`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B118,B32,C57
`Chr8:47170916`	`TAA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	27	A11,A20,A22,A8,B104,B125,B135,B140,B2,B20,B42,B43,B48,B5,B54,B77,B87,B98,C20,C30,C61,C63,C74,C80,C82,D11,D9
`Chr8:47171948`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr8:47171950`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923977.1
ATGTTACGAACGATTGTCGCAGACAAAGACTTTTTATTTTATTTTACTCCTACTTCCACCTACTCCATTTTTTTAAAAAAAAAATCAACATCACCACCCACTTCCACCACCAACATCACCATCAATCCCCTGCACTATACCTATTACAGCACACTCCATGCTTCTACAAATTCATTGACATACTTTAGTCATTCTCATCCATTTCATCACAAACCCTCACGCAATTCATCATCTTACACTCTCACAAGAAACACCAAGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998562
ATGTTACGAACGATTGTCGCAGACAAAGACTTTTTATTTTATTTTACTCCTACTTCCACCTACTCCATTTTTTTAAAAAAAAAATCAACATCACCACCCACTTCCACCACCAACATCACCATCAATCCCCTGCACTATACCTATTACAGCACACTCCATGCTTCTACAAATTCATTGACATACTTTAGTCATTCTCATCCATTTCATCACAAACCCTCACGCAATTCATCATCTTACACTCTCACAAGAAACACCAAGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779960.1
MLRTIVADKDFLFYFTPTSTYSIFLKKKSTSPPTSTTNITINPLHYTYYSTLHASTNSLTYFSHSHPFHHKPSRNSSSYTLTRNTKTKRPNKFKQTDPTETFLKGFVTRGISAVFPRQVFMCMIFRLCLSRLAGWC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器