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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003946

染色体: Chr08 坐标: 47251241-47254671 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003946
名称SmilChr08G003946
描述peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP57-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向47251241 - 47254671 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998563
GeneID130998563
locus_tag-
NCBI NameLOC130998563
原始查询SmilChr08G003946

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP57-like
产物peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP57-like
ArabidopsisAT4G33060 (AT4G33060)
Cyclophilin-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829443]
identity=49.5; qcov=0.909; evalue=2.62e-40; confidence=medium
RiceOs01g0582400 (OsCYP57)
-
identity=46.9; qcov=0.913; evalue=6.05e-35; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998563

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779962.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057779962.1
3 Nuclear body 核内小体 0.60000 XP_057779962.1
4 Nucleolar fibrillar center Nucleolar fibrillar center 0.40000 XP_057779962.1
5 Nucleolus 核仁 0.20000 XP_057779962.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:47251395 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 C14
Chr8:47251395 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 C14
Chr8:47251409 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr8:47251429 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr8:47251432 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,C11,C69
Chr8:47251476 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:47251524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:47251527 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr8:47251547 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B40,C13,C61
Chr8:47251984 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,D5
Chr8:47252028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:47252067 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B111,B71,C62,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923979.1
ATGGCAGCTGCAGCCCGTGGAGATAGGTTGTATAATTTTTTATTTGATCCGTTGTACAAAAAATTGAACTTGCTTTCATTTGGGGAAGAAGCTGAAGAAGAGGAGAAGGAACTTGCAGCTGCCAATCCTAGAATAAAAAGTAGCCATGATGTTTTGAATGATCCCAGGCTTCTGAAGGATGGTCTTGAAAAACATTTGAACTCAGCTGAAGAGCAGAAATCAAGGGAGTCACAGTTAATTGTGAGGGAAGCTCTCTCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998563
ATGGCAGCTGCAGCCCGTGGAGATAGGTTGTATAATTTTTTATTTGATCCGTTGTACAAAAAATTGAACTTGCTTTCATTTGGGGAAGAAGCTGAAGAAGAGGAGAAGGAACTTGCAGCTGCCAATCCTAGAATAAAAAGTAGCCATGATGTTTTGAATGATCCCAGGCTTCTGAAGGATGGTCTTGAAAAACATTTGAACTCAGCTGAAGAGCAGAAATCAAGGGAGTCACAGTTAATTGTGAGGGAAGCTCTCTCAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779962.1
MAAAARGDRLYNFLFDPLYKKLNLLSFGEEAEEEEKELAAANPRIKSSHDVLNDPRLLKDGLEKHLNSAEEQKSRESQLIVREALSKKEPKEELGAGTSDSPDHSDEDESSFDTRMRQQILRRRQELGDKPTKKDLRNERKASQKHAASPPRSSVGECDEKPKADKLSMKKKGLGSEARAERLANADADLQLLGEAERSRQLHKQKKRMRQGHEDEVCSNFLFLPFFIFCY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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