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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003947

染色体: Chr08 坐标: 47268664-47271352 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003947
名称SmilChr08G003947
描述arginine--tRNA ligase, cytoplasmic-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向47268664 - 47271352 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996885
GeneID130996885
locus_tag-
NCBI NameLOC130996885
原始查询SmilChr08G003947

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述arginine--tRNA ligase, cytoplasmic-like
产物arginine--tRNA ligase%2C cytoplasmic-like
ArabidopsisAT4G26300 (emb1027)
Arginyl-tRNA synthetase, class Ic [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828736]
identity=68.7; qcov=1; evalue=2.31e-65; confidence=high
RiceOs05g0163000
-
identity=71.4; qcov=1; evalue=1.28e-68; confidence=high
GOGO:0004814 (arginine-tRNA ligase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006420 (arginyl-tRNA aminoacylation)
KEGG-
PfamPF00750 (tRNA-synt_1d)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996885

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057778147.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057778147.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778147.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778147.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778147.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:47268786 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr8:47269695 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr8:47269726 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:47269857 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr8:47269859 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B114,C21,C51,C86
Chr8:47269874 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr8:47269889 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B113,B132,B140,C24,C39
Chr8:47269919 G GTC 2bp_insertion frameshift_variant 1 B72
Chr8:47269919 G GTC 2bp_insertion CDS_variant 1 B72
Chr8:47270351 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:47270377 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr8:47270442 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 15 A15,A21,B108,B113,B115,B120,B122,B124,B132,B20,B81,B9,B91,C38,C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778147.1
148 aa
N
1
74
148
tRNA-synt_1d
C
PF00750 tRNA-synt_1d 1-146 aa
XP_057778148.1
147 aa
N
1
74
147
tRNA-synt_1d
C
PF00750 tRNA-synt_1d 1-146 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778147.1 Pfam PF00750 tRNA-synt_1d Domain 1 146 1.1e-38 133.8 tRNA synthetases class I (R), catalytic domain
XP_057778148.1 Pfam PF00750 tRNA-synt_1d Domain 1 146 1.3e-38 133.6 tRNA synthetases class I (R), catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922164.1
AATCACTATCTTATTAGGAAGTTAGTTAATTCCTGGTAGCTATGATTGTTCTTTATAAATTCTTTTAGATACTAATGTTGTTTGGTTGTCTTCTAGTTTGGTATGTTAATAGAGTTCCTATTCGAAAAGTTTCCCAGCCTGGAAGTTGTCAATGATCAAGCCATAGGAGACTTGGAGGCATTCTATAAGGCATCGAAGCTAAGATTTGACAGTGACCCTGCTTTCAAGGAAAGGGCTCAGCAGGCAGTTGTCAGCCTTCA...
XM_057922165.1
AATCACTATCTTATTAGGAAGTTAGTTAATTCCTGGTAGCTATGATTGTTCTTTATAAATTCTTTTAGATACTAATGTTGTTTGGTTGTCTTCTAGTTTGGTATGTTAATAGAGTTCCTATTCGAAAAGTTTCCCAGCCTGGAAGTTGTCAATGATCAAGCCATAGGAGACTTGGAGGCATTCTATAAGGCATCGAAGCTAAGATTTGACAGTGACCCTGCTTTCAAGGAAAGGGCTCAGCAGGCAGTTGTCAGCCTTCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130996885
ATGTTAATAGAGTTCCTATTCGAAAAGTTTCCCAGCCTGGAAGTTGTCAATGATCAAGCCATAGGAGACTTGGAGGCATTCTATAAGGCATCGAAGCTAAGATTTGACAGTGACCCTGCTTTCAAGGAAAGGGCTCAGCAGGCAGTTGTCAGCCTTCAGGCTGGGGAGGAGAAGTACCGGAAGGCATGGGCTGAAATTTGTAAAATCAGTAGATGTGGATATGAAAAGGTGTATGAGCATCTTGGAGTTCAGTTGGAGGA...
LOC130996885
ATGTTAATAGAGTTCCTATTCGAAAAGTTTCCCAGCCTGGAAGTTGTCAATGATCAAGCCATAGGAGACTTGGAGGCATTCTATAAGGCATCGAAGCTAAGATTTGACAGTGACCCTGCTTTCAAGGAAAGGGCTCAGCAGGCAGTTGTCAGCCTTCAGGCTGGGGAGGAGAAGTACCGGAAGGCATGGGCTGAAATTTGTAAAATCAGTAGATGTGGATATGAAAAGGTGTATGAGCATCTTGGAGTTCAGTTGGAGGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057778147.1
MLIEFLFEKFPSLEVVNDQAIGDLEAFYKASKLRFDSDPAFKERAQQAVVSLQAGEEKYRKAWAEICKISRCGYEKVYEHLGVQLEEKGESFYNPYIPGALELLNKEGLIEESEGARVIFIEGKNIPLIVVKRDGGYNYASTDLAALW
XP_057778148.1
MLIEFLFEKFPSLEVVNDQAIGDLEAFYKASKLRFDSDPAFKERAQQAVVSLQAGEEKYRKAWAEICKISRCGYEKVYEHLGVQLEEKGESFYNPYIPGALELLNKEGLIEESEGARVIFIEGKNIPLIVVKRDGGYNYASTDLAAL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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