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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003975

染色体: Chr08 坐标: 47755020-47756265 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003975
名称SmilChr08G003975
描述uncharacterized SmilChr08G003975
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向47755020 - 47756265 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996888
GeneID130996888
locus_tag-
NCBI NameLOC130996888
原始查询SmilChr08G003975

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996888

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057778151.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057778151.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057778151.1
4 Nucleolus 核仁 0.20000 XP_057778151.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778151.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:47755720 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr8:47755724 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C87
Chr8:47755919 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 63 A15,A18,A2,A23,A25,A4,A5,B1,B102,B104,B109,B123,B136,B14,B18,B21,B24,B26,B28,B30,B33,B37,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B45,B49,B55,B7,B72,B80,B81,B82,B84,B85,C1,C16,C30,C32,C34,C35,C37,C39,C48,C52,C57,C58,C59,C62,C63,C65,C67,C68,C76,C77,C8,C83,D5,D6,D8
Chr8:47756057 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922168.1
TGGAGAATATGTTGGACGCCATCAAGGGAGTTATTGAGAGGGTGCCGAAGAAATGAGATGGTGTGAGGAGCTTGCACTTGAAGTTCTCTGATTCGGTGGCTTTGCCGATTTACCAGGCCATGCCGGATGTCAGGTTGAAGATTGAGGGATTGAAGGACAAAAAGGAAGAGGGAGGTGAGGTGACTGAAATTAGTGATAATGACAATGCTAAGAGTGGGAAGAAGAAGCAGAAGCAGAAGGGGAGGATTCATGAGGTTCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996888
ATGCCGGATGTCAGGTTGAAGATTGAGGGATTGAAGGACAAAAAGGAAGAGGGAGGTGAGGTGACTGAAATTAGTGATAATGACAATGCTAAGAGTGGGAAGAAGAAGCAGAAGCAGAAGGGGAGGATTCATGAGGTTCGATATATGGATGCTGGTGAGGATGTGGATAGTGATGTTGATGATTTAGATGAGAGCGAGGTTGCTGAATTTCTGCAGAAGAAGGGTATTAGTGATGATGATGAAAAAAAGAAGACGGAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778151.1
MPDVRLKIEGLKDKKEEGGEVTEISDNDNAKSGKKKQKQKGRIHEVRYMDAGEDVDSDVDDLDESEVAEFLQKKGISDDDEKKKTESEGKKRSKKKTESVGKKRRKSDDENKKSKKMDSEGKKMRKSKTIKE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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