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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003982

染色体: Chr08 坐标: 47965191-47970997 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003982
名称SmilChr08G003982
描述F-actin-capping protein subunit alpha-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向47965191 - 47970997 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996873
GeneID130996873
locus_tag-
NCBI NameLOC130996873
原始查询SmilChr08G003982

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-actin-capping protein subunit alpha-like
产物F-actin-capping protein subunit alpha-like
ArabidopsisAT3G05520 (CPA)
Subunits of heterodimeric actin filament capping protein Capz superfamily [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819717]
identity=69.6; qcov=0.958; evalue=7.81e-164; confidence=high
RiceOs07g0414800
-
identity=69.8; qcov=0.703; evalue=3.84e-117; confidence=high
GOGO:0008290 (F-actin capping protein complex); GO:0030036 (actin cytoskeleton organization); GO:0030479 (actin cortical patch); GO:0051015 (actin filament binding); GO:0051016 (barbed-end actin filament capping)
KEGGsmil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04814 (Motor proteins - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04820 (Cytoskeleton in muscle cells - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01267 (F-actin_cap_A)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996873

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057778133.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057778133.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778133.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778133.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778133.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:47965882 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778133.1
306 aa
N
1
153
306
F-actin_cap_A
C
PF01267 F-actin_cap_A 18-295 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778133.1 Pfam PF01267 F-actin_cap_A Family 18 295 6.3e-78 262.6 F-actin capping protein alpha subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922150.1
AAATGTCATTTGTCAAAGGTGGCTTAAAAACTGAATAATTAGTTCAAACTGAGAGTGAACGCCATTTTTACCTAATCATTTGACTATTTTTGCATAGATAGATACTTTTGTTTTTAATAGCATAAATAATTTCATTGCCCTGTAAATTTGGCGATATATATATATACACATTGTGTGTGTGTGTGTCATTTGATTTCGAGGGAGAAATTTTACTCGGTACAAAATTCCAAAACCCTTTTGGGATCTCAGAAATGTCAGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996873
ATGTCAGACGAGGAAGAGACGCAGCTCACTGATGAGCAGAAAATCGAGATCGCCAAATGGTTTCTCCTCAATTCTCCAGCCGGCGAAATCCAATACATCGCCAAAGATATCAAGGCGGTTTTGCAGGATGAGACGCTGTATAGCACGGCGGCGGCAGAGGCATTTCCTCTTTACAACAAATCTCACATGATTTGCCTGGATTTTCCTGATAGAAGCGGTGAGGTTATGGTTACACCATTTAACGAGATTGGTGAGAATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778133.1
MSDEEETQLTDEQKIEIAKWFLLNSPAGEIQYIAKDIKAVLQDETLYSTAAAEAFPLYNKSHMICLDFPDRSGEVMVTPFNEIGENEYLDPRTAQVAIVDHVKQVCGRARPANDEEFPSPYIEEYRYSLDVEVTKYVSEAYPKGICSVYCVNGKDVEEPGMDFELVVVISAARLSPQNFCNGSWRSIWNLEFKDEAQFVEVRGKLQVGAHYFEEGNVQLDAKHECKDSTMFMSPEDCAHSVTTIIRHHETEYLDSLQTSY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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