Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003998

染色体: Chr08 坐标: 48261860-48264030 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003998
名称SmilChr08G003998
描述UDP-glycosyltransferase 92A1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向48261860 - 48264030 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996863
GeneID130996863
locus_tag-
NCBI NameLOC130996863
原始查询SmilChr08G003998

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 92A1-like
产物UDP-glycosyltransferase 92A1-like
ArabidopsisAT5G12890 (AT5G12890)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831129]
identity=38.9; qcov=0.998; evalue=1.46e-117; confidence=medium
RiceOs04g0506000
-
identity=39.2; qcov=1.03; evalue=2.53e-103; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996863

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057778114.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057778114.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778114.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778114.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778114.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:48262571 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:48262658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B13
Chr8:48262729 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 56 A16,A21,A23,B101,B106,B113,B119,B126,B132,B134,B140,B15,B2,B22,B23,B27,B31,B35,B37,B38,B39,B41,B42,B43,B5,B51,B52,B57,B60,B63,B65,B67,B7,B72,B74,B76,B83,C10,C11,C13,C19,C32,C45,C47,C57,C6,C61,C69,C7,C76,C77,C79,C82,C85,C86,D8
Chr8:48262790 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,C74
Chr8:48262798 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B78,C27
Chr8:48262840 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr8:48262856 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B12,B78,C27
Chr8:48262858 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 8 A10,B10,B107,B22,B68,B84,C12,C3
Chr8:48262889 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 75 A16,A18,A19,A2,A24,A4,B1,B103,B105,B108,B110,B111,B117,B126,B134,B137,B139,B140,B18,B2,B24,B26,B28,B33,B35,B4,B45,B46,B48,B50,B55,B56,B66,B7,B74,B75,B79,B8,B80,B84,B85,B86,B9,B96,C1,C13,C18,C2,C22,C23,C28,C29,C30,C35,C37,C4,C40,C43,C50,C59,C60,C62,C70,C72,C77,C79,C83,C85,C87,C9,D10,D11,D4,D7,D9
Chr8:48262919 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 50 A10,A18,A22,A25,A4,B101,B109,B112,B122,B136,B139,B14,B21,B24,B27,B33,B34,B49,B56,B58,B62,B64,B65,B73,B74,B82,B85,B93,B95,C11,C14,C20,C21,C24,C26,C32,C36,C38,C48,C49,C52,C54,C64,C66,C68,C69,C71,C74,C84,D3
Chr8:48262940 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:48262946 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778114.1
487 aa
N
1
244
487
Glyco_transf_N
UDPGT
C
PF26168 Glyco_transf_N 8-152 aa PF00201 UDPGT 278-439 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778114.1 Pfam PF26168 Glyco_transf_N Domain 8 152 1.7e-12 48.5 Glycosyltransferase, N-terminal domain
XP_057778114.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 278 439 2.2e-18 67.1 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922131.1
TTCAAATTCAAATAAAACTTAAATCACTGTGGTGCTATGCTGATGAAGTTGCAGAGAAAATGAGAGTTGCAGAAGAGCAGCACATAGTGATGCTGCCGTTCATGGCGCAAGGCCATCTCATCCCATTCTTAGCCCTAGCCAATCAAATCGCCCAACGATTCCCCTTCACAATCACCATCACCACCACCCAACTCAACGTCCGCTACCTCAGAGCCGCCGCCGCATCCAATTCCAACCCCCAAATCCATTTCTTCGACCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996863
ATGAGAGTTGCAGAAGAGCAGCACATAGTGATGCTGCCGTTCATGGCGCAAGGCCATCTCATCCCATTCTTAGCCCTAGCCAATCAAATCGCCCAACGATTCCCCTTCACAATCACCATCACCACCACCCAACTCAACGTCCGCTACCTCAGAGCCGCCGCCGCATCCAATTCCAACCCCCAAATCCATTTCTTCGACCTCCGCTTCTCCACCGCCGATCACGGCCTCCCGCCGGACGCAGAGAACACGGAGGCCGTACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778114.1
MRVAEEQHIVMLPFMAQGHLIPFLALANQIAQRFPFTITITTTQLNVRYLRAAAASNSNPQIHFFDLRFSTADHGLPPDAENTEAVPLHLIANLFRASTSLQPAFRALIRDITARDGAPPLCIISDFFIGWANEVAKSSGTVNVAFNTSSAYGCAAYLSMWQHLPHRRAAADGTFAVPGFPNSRPFRVSEVHGFLRDADDGDEWSRFLQPQIAQSLSSFGWLYATAAEIEPLGLEIFSNYTKRPVWCIGPLLPPGILDRK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器