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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004010

染色体: Chr08 坐标: 48489039-48491083 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004010
名称SmilChr08G004010
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g22760
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向48489039 - 48491083 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996910
GeneID130996910
locus_tag-
NCBI NameLOC130996910
原始查询SmilChr08G004010

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g22760
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g22760
ArabidopsisAT4G22760 (AT4G22760)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828375]
identity=51.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0162200 (P0577B11.133)
-
identity=47.3; qcov=0.908; evalue=3.05e-166; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996910

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057778159.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778159.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778159.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778159.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057778159.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:48489293 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr8:48489368 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr8:48489426 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C73
Chr8:48489637 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr8:48489740 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B41,B71,B89,C70
Chr8:48489817 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:48489848 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr8:48490094 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr8:48490418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B114,C15
Chr8:48490448 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778159.1
575 aa
N
1
288
575
PPR
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 143-170 aa PF13041 PPR_2 168-200 aa PF01535 PPR 171-200 aa PF12854 PPR_1 199-227 aa PF13041 PPR_2 199-230 aa PF01535 PPR 202-230 aa PF01535 PPR 234-262 aa PF01535 PPR 264-287 aa PF01535 PPR 297-322 aa PF01535 PPR 370-395 aa PF13812 PPR_3 396-442 aa PF13041 PPR_2 396-443 aa PF01535 PPR 398-427 aa PF13812 PPR_3 419-479 aa PF01535 PPR 433-463 aa PF01535 PPR 469-493 aa PF20431 E_motif 513-575 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778159.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 143 170 2.7e-77 250.5 PPR repeat
XP_057778159.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 168 200 3.3e-75 248.7 PPR repeat family
XP_057778159.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 171 200 2.7e-77 250.5 PPR repeat
XP_057778159.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 199 227 6.2e-48 160.9 PPR repeat
XP_057778159.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 199 230 3.3e-75 248.7 PPR repeat family
XP_057778159.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 202 230 2.7e-77 250.5 PPR repeat
XP_057778159.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 234 262 2.7e-77 250.5 PPR repeat
XP_057778159.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 264 287 2.7e-77 250.5 PPR repeat
XP_057778159.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 297 322 2.7e-77 250.5 PPR repeat
XP_057778159.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 370 395 2.7e-77 250.5 PPR repeat
XP_057778159.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 396 442 1.5e-24 86.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057778159.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 396 443 3.3e-75 248.7 PPR repeat family
XP_057778159.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 398 427 2.7e-77 250.5 PPR repeat
XP_057778159.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 419 479 1.5e-24 86.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057778159.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 433 463 2.7e-77 250.5 PPR repeat
XP_057778159.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 469 493 2.7e-77 250.5 PPR repeat
XP_057778159.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 513 575 4.3e-16 59.6 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922176.1
GTACTTGTATAGACACATTTCAGATCTGGAAGTTTATATAATTTCGATTTGACTAATATCCACATTCATCTGATCCTCTTCCAAATGCAAGCTTCAAGAATCGGAAATCTGGTGGAAAAATTCGTCAACACTGATCAGGCCAAGCAAATCCACTGTCAAATATTAGTCAGCAATCTTCACAATCTCGAGCCACTCTTAGTCCGCCAAATTTTGAAATGCGCCGCTCATTATTCGGCACGAACCACCCACTACGTCAGATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996910
ATGCAAGCTTCAAGAATCGGAAATCTGGTGGAAAAATTCGTCAACACTGATCAGGCCAAGCAAATCCACTGTCAAATATTAGTCAGCAATCTTCACAATCTCGAGCCACTCTTAGTCCGCCAAATTTTGAAATGCGCCGCTCATTATTCGGCACGAACCACCCACTACGTCAGATCGATCCTGCGGTATATGCGAATTCGCGACGCTTTCTCCGCCTCGTGCACAATCCGTTATCTCTCTCAACACGGGCAGTTTCGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778159.1
MQASRIGNLVEKFVNTDQAKQIHCQILVSNLHNLEPLLVRQILKCAAHYSARTTHYVRSILRYMRIRDAFSASCTIRYLSQHGQFRDALALYSESHASGIFPNTFAVSSALKSCARILCKSGGLMIHGQVQKLGFCEVVFVQTALLDFYSKLGDMAVARKVFDEIRERNVVSWNSLLGGYVKGGKLAMAQSVFDEMSERDVVSWNSMISGYTRAKDMEQAYELFRRMPQRSSASWNAMVTGYIECGKMELARSFFDAMPE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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